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万見
- PDB-1caw: DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1caw
タイトルDETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT
要素(CANAVALIN) x 2
キーワードSEED STORAGE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ko, T-P. / Ng, J.D. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Determination of three crystal structures of canavalin by molecular replacement.
著者: Ko, T.P. / Ng, J.D. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 1993
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canavalin from Jack Bean (Canavalia Ensiformis)
著者: Ko, T-P. / Ng, J.D. / Day, J. / McPherson, A.
履歴
登録1993年6月2日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CANAVALIN
B: CANAVALIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6102
ポリマ－41,6102
非ポリマー00
水00
1
A: CANAVALIN
B: CANAVALIN

A: CANAVALIN
B: CANAVALIN

A: CANAVALIN
B: CANAVALIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8296
ポリマ－124,8296
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area26680 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area42130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.800, 136.800, 75.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 CANAVALIN


分子量: 20968.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
参照: UniProt: P50477
#2: タンパク質 CANAVALIN


分子量: 20641.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
参照: UniProt: P50477

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.44 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.0 %(w/v) / 化学式: NaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 11525 / Num. measured all: 26041 / Rmerge(I) obs: 0.0644
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.69 Å / Num. unique obs: 2212 / Num. measured obs: 2983 / Rmerge(I) obs: 0.1507

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(I): 3 /
Rfactor反射数
obs0.194 10592
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 0 0 2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.194 / 最高解像度: 2.6 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.911
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg24.892
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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