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- PDB-1ca0: BOVINE CHYMOTRYPSIN COMPLEXED TO APPI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ca0
タイトルBOVINE CHYMOTRYPSIN COMPLEXED TO APPI
要素
  • (BOVINE CHYMOTRYPSIN) x 3
  • PROTEASE INHIBITOR DOMAIN OF ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR
キーワードCOMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR) / SERINE PROTEASE / INHIBITOR / PROTEASE-SUBSTRATE INTERACTIONS / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction ...chymotrypsin / regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / : / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / suckling behavior / nuclear envelope lumen / dendrite development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / serpin family protein binding / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / serine protease inhibitor complex / digestion / Mitochondrial protein degradation / neuron projection maintenance / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / cholesterol metabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / adult locomotory behavior / extracellular matrix organization / axonogenesis / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / dendritic shaft / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / central nervous system development / endosome lumen / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuromuscular junction / recycling endosome / cognition / neuron cellular homeostasis / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of interleukin-6 production
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / PH-like domain superfamily / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A / Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Scheidig, A.J. / Kossiakoff, A.A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal structures of bovine chymotrypsin and trypsin complexed to the inhibitor domain of Alzheimer's amyloid beta-protein precursor (APPI) and basic pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) ...タイトル: Crystal structures of bovine chymotrypsin and trypsin complexed to the inhibitor domain of Alzheimer's amyloid beta-protein precursor (APPI) and basic pancreatic trypsin inhibitor (BPTI): engineering of inhibitors with altered specificities.
著者: Scheidig, A.J. / Hynes, T.R. / Pelletier, L.A. / Wells, J.A. / Kossiakoff, A.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: X-Ray Crystal Structure of the Protease Inhibitor Domain of Alzheimer'S Amyloid Beta-Protein Precursor
著者: Hynes, T.R. / Randal, M. / Kennedy, L.A. / Eigenbrot, C. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録1997年1月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOVINE CHYMOTRYPSIN
B: BOVINE CHYMOTRYPSIN
C: BOVINE CHYMOTRYPSIN
D: PROTEASE INHIBITOR DOMAIN OF ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR
F: BOVINE CHYMOTRYPSIN
G: BOVINE CHYMOTRYPSIN
H: BOVINE CHYMOTRYPSIN
I: PROTEASE INHIBITOR DOMAIN OF ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5368
ポリマ－62,5368
非ポリマー00
水4,720262
1
A: BOVINE CHYMOTRYPSIN
B: BOVINE CHYMOTRYPSIN
C: BOVINE CHYMOTRYPSIN
D: PROTEASE INHIBITOR DOMAIN OF ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2684
ポリマ－31,2684
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
2
F: BOVINE CHYMOTRYPSIN
G: BOVINE CHYMOTRYPSIN
H: BOVINE CHYMOTRYPSIN
I: PROTEASE INHIBITOR DOMAIN OF ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2684
ポリマ－31,2684
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.522, 181.488, 46.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.782832, 0.018759, 0.62195), (-0.04656, 0.994977, -0.088614), (-0.620489, -0.098327, -0.778027)
ベクター: 29.6121, -14.3147, 74.2506)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BOVINE CHYMOTRYPSIN


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 BOVINE CHYMOTRYPSIN


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: A4 / 器官: PANCREATIC / プラスミド: PA4G32R / 遺伝子 (発現宿主): A4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 27C7 / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 BOVINE CHYMOTRYPSIN


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: A4 / 器官: PANCREATIC / プラスミド: PA4G32R / 遺伝子 (発現宿主): A4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 27C7 / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: タンパク質 PROTEASE INHIBITOR DOMAIN OF ALZHEIMER'S AMYLOID BETA-PROTEIN PRECURSOR / APPI


分子量: 6005.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: A4 / 器官: PANCREATIC / プラスミド: PA4G32R / 遺伝子 (発現宿主): A4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 27C7 / 参照: UniProt: P05067
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-12.5 %(w/v)PEG60001reservoir
2100 mMsodium citrate1reservoir
35 %(v/v)dimethylacetamide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 33088 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 3.05 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rsym value: 0.0298 / Net I/σ(I): 39.87
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.1→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: YES / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 -8.6 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 30005 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.29 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 0 0 262 4608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.402
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.21
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.245
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 247 7.2 %
Rwork0.391 2219 -
obs--72.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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