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- PDB-1c7w: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE CALCIUM-BOUND C-TERMINAL DOMAIN (W8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c7w
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE CALCIUM-BOUND C-TERMINAL DOMAIN (W81-S161) OF CALCIUM VECTOR PROTEIN FROM AMPHIOXUS
要素CALCIUM VECTOR PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-HAND FAMILY / CALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...: / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium vector protein
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法溶液NMR / Distance Geometry (DGII), Simulated Annealing (Discover)
Model type detailsminimized average
データ登録者Theret, I. / Baladi, S. / Cox, J.A. / Sakamoto, H. / Craescu, C.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Sequential calcium binding to the regulatory domain of calcium vector protein reveals functional asymmetry and a novel mode of structural rearrangement.
著者: Theret, I. / Baladi, S. / Cox, J.A. / Sakamoto, H. / Craescu, C.T.
履歴
登録2000年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM VECTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2791
ポリマ－9,2791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM VECTOR PROTEIN / CAVP


分子量: 9279.268 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 81-161) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
組織: MUSCLE / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04573

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D (1H-15N)NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using 2D, homonuclear and 3D heteronuclear experiments.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1UnlabeledDeuterated Tris buffer (20 mM), 100 mM KCl, pH 6.5, 7% D2O
2Uniformly 15N labeledDeuterated Tris buffer (20 mM), 100 mM KCl, pH 6.5
試料状態イオン強度: 100 mM KCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity 500 / 製造業者: Varian / モデル: Unity 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97MSI (San Diego)構造決定
Felix97MSI (San Diego)精密化
精密化手法: Distance Geometry (DGII), Simulated Annealing (Discover)
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 938 NOE restraints, 66 hydrogen bond restraints and 99 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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