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- PDB-3gv3: CXCL12 (SDF) in trigonal space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gv3
タイトルCXCL12 (SDF) in trigonal space group
要素CXCL12 protein
キーワードCYTOKINE / SDF / CXCL12 / chemokine / Disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / regulation of actin polymerization or depolymerization / chemokine receptor binding / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development ...telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / regulation of actin polymerization or depolymerization / chemokine receptor binding / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to chemokine / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / animal organ regeneration / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of T cell migration / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell adhesion / axon guidance / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / growth factor activity / defense response / response to peptide hormone / response to virus / integrin binding / intracellular calcium ion homeostasis / neuron migration / chemotaxis / : / G alpha (i) signalling events / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1 / Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Murphy, J.W. / Crichlow, G. / Lolis, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Heterologous quaternary structure of CXCL12 and its relationship to the CC chemokine family.
著者: Murphy, J.W. / Yuan, H. / Kong, Y. / Xiong, Y. / Lolis, E.J.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CXCL12 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4511
ポリマ－7,4511
非ポリマー00
水1,04558
1
A: CXCL12 protein

A: CXCL12 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9022
ポリマ－14,9022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area1690 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.510, 55.510, 45.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CXCL12 protein


分子量: 7450.803 Da / 分子数: 1 / 変異: V18I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, hCG_25667 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ICW0, UniProt: P48061*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris HCl, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.06 Å / Num. obs: 11094

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→48.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.968 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24716 522 4.8 %RANDOM
Rwork0.20429 ---
obs0.20627 10408 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20.46 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数498 0 0 58 556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.022510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4051.946692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.871561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94223.7524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.9911590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.537154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1950.277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.771.5312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9812503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8683198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1884.5189
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 35 -
Rwork0.232 759 -
obs--99.75 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.4698 Å / Origin y: 18.2728 Å / Origin z: -12.6934 Å
111213212223313233
T0.0067 Å20.0024 Å2-0.0013 Å2-0.0309 Å2-0.0041 Å2--0.0092 Å2
L2.2648 °20.717 °20.8014 °2-1.4445 °2-0.3182 °2--1.4301 °2
S0.0514 Å °0.2526 Å °-0.0232 Å °0.021 Å °0.0522 Å °0.0275 Å °0.0489 Å °0.0951 Å °-0.1035 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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