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万見
- PDB-2kj5: Solution NMR structure of a domain from a putative phage integras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kj5
タイトルSolution NMR structure of a domain from a putative phage integrase protein Nmul_A0064 from Nitrosospira multiformis, Northeast Structural Genomics Consortium Target NmR46C
要素Phage integrase
キーワードStructural Genomics / unknown function / phage integrase / GFT NMR / PSI-2 / NESG / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain superfamily / Arm DNA-binding domain / : / Phage integrase central domain / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. ...Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain superfamily / Arm DNA-binding domain / : / Phage integrase central domain / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nitrosospira multiformis ATCC 25196 (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mills, J.L. / Eletsky, A. / Ghosh, A. / Wang, D. / Lee, H. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G.V.T. ...Mills, J.L. / Eletsky, A. / Ghosh, A. / Wang, D. / Lee, H. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of a domain from a putative phage integrase protein Nmul_A0064 from Nitrosospira multiformis, Northeast Structural Genomics Consortium Target NmR46C.
著者: Mills, J.L. / Eletsky, A. / Ghosh, A. / Wang, D. / Lee, H. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / ...著者: Mills, J.L. / Eletsky, A. / Ghosh, A. / Wang, D. / Lee, H. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32012年3月14日Group: Database references
改定 1.42020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4001
ポリマ－13,4001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phage integrase


分子量: 13400.457 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 101-207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosospira multiformis ATCC 25196 (バクテリア)
遺伝子: Nmul_A0064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YCZ8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1413D sim 15N,13C NOESY
1513D HNCO
161(4,3)D HNCABCA
171GFT (4,3)D CABCA(CO)NH
181GFT (4,3)D HABCAB(CO)NH
191GFT (4,3)D arom. (H)CCH
1101GFT (4,3)D aliph. (H)CCH
11132D 1H-15N HSQC
11232D 1H-15N TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NmR46C, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 1x v/v protease inhibitors, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] NmR46C, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 1x v/v protease inhibitors, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.2 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] NmR46C, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 1x v/v protease inhibitors, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMNmR46C-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
10 %D2O-21
90 %H2O-31
20 mMMES-41
200 mMsodium chloride-51
5 mMcalcium chloride-61
10 mMDTT-71
50 uMDSS-81
v/vprotease inhibitors-91
0.02 %sodium azide-101
1.2 mMNmR46C-11[U-5% 13C; U-98% 15N]2
10 %D2O-122
90 %H2O-132
20 mMMES-142
200 mMsodium chloride-152
5 mMcalcium chloride-162
10 mMDTT-172
50 uMDSS-182
v/vprotease inhibitors-192
0.02 %sodium azide-202
1.2 mMNmR46C-21[U-5% 13C; U-98% 15N]3
10 %D2O-223
90 %H2O-233
20 mMMES-243
200 mMsodium chloride-253
5 mMcalcium chloride-263
10 mMDTT-273
50 uMDSS-283
v/vprotease inhibitors-293
0.02 %sodium azide-303
試料状態イオン強度: 430 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SPSCANGlaser解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionechemical shift assignment
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione精密化
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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