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- PDB-1c7t: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE MUTANT E540D COMPLEXED WITH DI-N ACET... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c7t
タイトルBETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE MUTANT E540D COMPLEXED WITH DI-N ACETYL-D-GLUCOSAMINE (CHITOBIASE)
要素BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / CHITINOLYSIN / A/B(TIM)-BARREL / SITE DIRECTED MUTAGENESIS / PROTON DONOR / CO-CRYSTAL STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / chitin catabolic process / polysaccharide binding / polysaccharide catabolic process / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Chitobiase/beta-hexosaminidases, N-terminal domain / Chitobiase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Immunoglobulin-like - #290 / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...Chitobiase/beta-hexosaminidases, N-terminal domain / Chitobiase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / Immunoglobulin-like - #290 / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Prag, G. / Papanikolau, Y. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Petratos, K. / Oppenheim, A.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structures of chitobiase mutants complexed with the substrate Di-N-acetyl-d-glucosamine: the catalytic role of the conserved acidic pair, aspartate 539 and glutamate 540.
著者: Prag, G. / Papanikolau, Y. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Petratos, K. / Oppenheim, A.B.
#1: ジャーナル: Mol.Gen.Genet. / 年: 1989
タイトル: Cloning of the Gene Coding for Chitobiase of Serratia Marcescens
著者: Kless, H. / Sitrit, Y. / Chet, I. / Oppenheim, A.B.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Bacterial Chitobiase Structure Provides Insight Into Catalytic Mechanism and the Basis of Tay-Sachs Disease
著者: Tews, I. / Perrakis, A. / Oppenheim, A. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E.
履歴
登録2000年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7806
ポリマ－95,9711
非ポリマー8095
水14,988832
1
A: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,55912
ポリマ－191,9422
非ポリマー1,61710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)109.174, 99.416, 86.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE / CHITOBIASE


分子量: 95970.906 Da / 分子数: 1
断片: MATURE PROTEIN, PERIPLASMATIC TARGETING SEQUENCE RESIDUES 1-27 CLEAVED OFF DURING MATURATION
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH DINAG / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: A9270 / プラスミド: PKK177-3 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): A5039 / 参照: UniProt: Q54468, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: CO-CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR BUFFER CONTAINED 2.3 MOLAR AMMONIUM SULFATE AND 100 MILLIMOLAR CACODYLATE BUFFER PH 4.8. PROTEIN SOLUTION 40 ...詳細: CO-CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR BUFFER CONTAINED 2.3 MOLAR AMMONIUM SULFATE AND 100 MILLIMOLAR CACODYLATE BUFFER PH 4.8. PROTEIN SOLUTION 40 MILLIGRAM PER MILLILITER WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR CONTAINING 10 MILLIMOLAR DI-NAG. CRYSTALS ABOUT 0.5 X 0.2 X 0.2 MILLIMETER IN SIZE WERE FORMED WITHIN 2-3 DAYS., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.3 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMcacodylate1reservoir
340 mg/mlprotein1drop
410 mMdiNAG1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月12日 / 詳細: 300 MM IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→10 Å / Num. obs: 71983 / % possible obs: 96.9 % / Biso Wilson estimate: 20.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10122.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / % possible all: 94
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / Num. measured all: 1001880
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.216

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC/ ARP精密化
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C7S

1c7s


解像度: 1.9→10 Å / SU B: 3.63 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3626 5 %RANDOM R VALUE (WORKING TEST SET) : 0.204
Rwork0.191 ---
obs-71983 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6776 0 49 834 7659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8022
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.3333
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.1893
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.0764
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1960.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2410.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1710.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.93
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor25.120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC / ARP' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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