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- PDB-1c5b: DECARBOXYLASE CATALYTIC ANTIBODY 21D8 UNLIGANDED FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5b
タイトルDECARBOXYLASE CATALYTIC ANTIBODY 21D8 UNLIGANDED FORM
要素(CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CATALYTIC ANTIBODY / CHIMERIC FAB / DECARBOXYLASE / UNLIGANDED
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hotta, K. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Catalysis of decarboxylation by a preorganized heterogeneous microenvironment: crystal structures of abzyme 21D8.
著者: Hotta, K. / Lange, H. / Tantillo, D.J. / Houk, K.N. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.
履歴
登録1999年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8
H: CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5212
ポリマ－46,5212
非ポリマー00
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.258, 43.345, 59.500
Angle α, β, γ (deg.)88.02, 79.10, 89.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8


分子量: 23547.086 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 103-214) IS FROM HUMAN SOURCE, AND THE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-102) IS FROM MURINE SOURCE
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: BALB/C, BALB/C / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 21D8 / 器官: SPLEEN / プラスミド: P4XH-M13 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体 CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8


分子量: 22973.838 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 109-230) IS FROM HUMAN SOURCE, AND THE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-108) IS FROM MURINE SOURCE
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: BALB/C, BALB/C / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 21D8 / 器官: SPLEEN / プラスミド: P4XH-M13 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE NUMBERING ACCORDING TO THE KABAT & WU SCHEME

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 297.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21.5% (W/V) MPEG 5000 IN 0.1 M NAOAC AT PH 5.5 MIXED 1:1 WITH 20MG/ML PROTEIN, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297.5K
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
126 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
333 %(v/v)mPEG50001reservoir
4100 mMimidazole malate1reservoir
52-acetamido-1,5-naphthalane disulfonate1reservoirtenfold molar excess

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 20181 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 85.8
反射
*PLUS
% possible obs: 91.8 % / Num. measured all: 46419 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.8 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
AMoRE位相決定
CNS0.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FRG AND 1GAF

1frg

1gaf


解像度: 2.1→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2002 9.9 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 20181 89.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.58 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1 Å23.05 Å21.77 Å2
2--1.82 Å21.7 Å2
3----8.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 0 169 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 316 9.8 %
Rwork0.25 2899 -
obs--85.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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