PDB-1c2n: CYTOCHROME C2, NMR, 20 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c2n

タイトル

CYTOCHROME C2, NMR, 20 STRUCTURES

要素

CYTOCHROME C2

キーワード

ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter capsulatus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Cordier, F. / Caffrey, M.S. / Brutscher, B. / Cusanovich, M.A. / Marion, D. / Blackledge, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure, rotational diffusion anisotropy and local backbone dynamics of Rhodobacter capsulatus cytochrome c2.
著者: Cordier, F. / Caffrey, M. / Brutscher, B. / Cusanovich, M.A. / Marion, D. / Blackledge, M.

履歴

登録	1998年4月27日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年6月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c2n.cif.gz	703.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c2n.ent.gz	586.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/1c2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/1c2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a15-15 1vyd-1 1c2r-2 3omz-4 3rjp-d 5a15-3 5a15-11 2fxi-d 1hh7-d 5a15-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME C2

ヘテロ分子

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 25	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #4

#1: タンパク質	CYTOCHROME C2 分子量: 14299.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: SB1003 / 参照: UniProt: P00094
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	HSQC-NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY.

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 45 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	BIOSYM/MSI	精密化
Discover		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED USING DISCOVER PROGRAMS COMPRISED IN THE INSIGHTII PACKAGE FROM BIOSYM /MOLECULAR SIMULATIONS. THE AMBER4 FORCE FIELD WAS USED IN THE RESTRAINED ...

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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