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万見
- PDB-1c24: E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE: METHIONINE PHOSPHINATE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c24
タイトルE. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE: METHIONINE PHOSPHINATE COMPLEX
要素METHIONINE AMINOPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / PRODUCT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / ferrous iron binding / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (1-AMINO-3-METHYLSULFANYL-PROPYL)-PHOSPHINIC ACID / Methionine aminopeptidase / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lowther, W.T. / Zhang, Y. / Sampson, P.B. / Honek, J.F. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Insights into the mechanism of Escherichia coli methionine aminopeptidase from the structural analysis of reaction products and phosphorus-based transition-state analogues.
著者: Lowther, W.T. / Zhang, Y. / Sampson, P.B. / Honek, J.F. / Matthews, B.W.
履歴
登録1999年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHIONINE AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5215
ポリマ－29,2111
非ポリマー3104
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.293, 67.633, 48.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 METHIONINE AMINOPEPTIDASE


分子量: 29210.580 Da / 分子数: 1 / 断片: METHIONINE PHOSPHINATE / 変異: R175Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: METHIONINE PHOSPHINATE COMPLEX / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07906, UniProt: P0AE18*PLUS, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MPJ / (1-AMINO-3-METHYLSULFANYL-PROPYL)-PHOSPHINIC ACID / METHIONINE PHOSPHINATE / [(R)-1-アミノ-3-(メチルチオ)プロピル]ホスフィン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 169.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO2PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE PHOSPHINATE PORTION OF THE COMPOUND WAS MODELED AND REFINED IN TWO ALTERNATIVE CONFORMATIONS.
配列の詳細THERE ARE FOUR ADDITIONAL RESIDUES ON THE C-TERMINUS LEFT OVER FROM A THROMBIN DIGEST OF THE HIS- ...THERE ARE FOUR ADDITIONAL RESIDUES ON THE C-TERMINUS LEFT OVER FROM A THROMBIN DIGEST OF THE HIS-TAGGED PROTEIN. THESE RESIDUES, L-V-P-R (RESIDUES 265-268), WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE NOT A PART OF THE SEQRES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hepes, NaCl, CoCl2, K2SO4, PEG 4000, N-octanoyl sucrose, methionine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES1drop
325 mM1dropK2SO4
4100 mM1dropNaCl
51 mM1dropCoCl2
615 mMmethionine1drop
748.8 mMN-octanoyl sucrose1drop
824-26 %PEG40001reservoir
90.1 MHEPES1reservoir
102 mM1reservoirCoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→24.6 Å / Num. all: 26200 / Num. obs: 126529 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. obs: 26200 / Num. measured all: 126529
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 1.7→24.6 Å / 立体化学のターゲット値: TNT /
Rfactor反射数
obs0.164 126529
all-26200
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 165.9 Å2 / ksol: 0.78 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 15 99 2097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.01
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 26200
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.01
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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