PDB-1bz3: STABILIZATION OF THE ANTICODON STEM-LOOP OF TRNALYS,3 BY AN A+C B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bz3

タイトル

STABILIZATION OF THE ANTICODON STEM-LOOP OF TRNALYS,3 BY AN A+C BASE PAIR AND BY PSEUDOURIDINE, NMR, 1 STRUCTURE

要素

TRNA

キーワード

RNA / TRNA / PSEUDOURIDINE / ANTICODON

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Durant, P.C. / Davis, D.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Stabilization of the anticodon stem-loop of tRNALys,3 by an A+-C base-pair and by pseudouridine.
著者: Durant, P.C. / Davis, D.R.

履歴

登録	1998年11月5日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bz3.cif.gz	18.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bz3.ent.gz	11.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bz3_validation.pdf.gz	291.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bz3_full_validation.pdf.gz	291.6 KB	表示
XML形式データ	1bz3_validation.xml.gz	1.8 KB	表示
CIF形式データ	1bz3_validation.cif.gz	2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bz2C 1bztC 1bzuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kp3-d 1byx-d 2kpd-d 1bzt-d 1bz2-d 5kie-d 1dxa-d 1ssj-d 1fj5-d 5ki7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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類似性 (1)
#157 - 2013年1月
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
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SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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#10 - 2000年10月
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TRNA

5.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 60	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: RNA鎖	TRNA 分子量: 5350.189 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTICODON (RESIDUES 27-43) / 由来タイプ: 合成

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	ROESY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	HMQC
1	5	1	1H-31P COSY
1	6	1	1H-31P HETERO-TOCSY-TOCSY
1	7	1	DQCOSY

NMR実験の詳細

Text: LOWEST RMSD DIFFERENCE FROM AVERAGE STRUCTURE. STRUCTURE WAS DETERMINED USING RESTRAINTS FROM HOMONUCLEAR ROESY, DQCOSY AND NOESY DATA. ASSIGNMENTS WERE MADE WITH A COMBINATION OF ROESY, NOESY, ...

-
試料調製

詳細	内容: H2O/D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM NACL / pH: 5 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY 500 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア

名称	分類
VNMR	モデル構築
AMBER	精密化
VNMR	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Discover	95	MSI	精密化
VNMR			構造決定
Felix			構造決定
Discover			構造決定

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: AMBER FORCEFIELD

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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