PDB-2kpd: Structure determination of the top-loop of the conserved 3 termin...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 2kpd

タイトル

Structure determination of the top-loop of the conserved 3 terminal secondary structure in the genome of YFV-mutant

要素

RNA (5'-R(*UP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3')

キーワード

RNA / yellow fever virus mutant / 3'-terminal loop / genome

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

データ登録者

Lescrinier, E. / Dyubankova, N. / Nauwelaerts, K. / Jones, R. / Herdewijn, P.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2010
タイトル: Structure Determination of the Top-Loop of the Conserved 3'-Terminal Secondary Structure in the Genome of Flaviviruses.
著者: Lescrinier, E. / Dyubankova, N. / Nauwelaerts, K. / Jones, R. / Herdewijn, P.

履歴

登録	2009年10月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kpd.cif.gz	112.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kpd.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2kpd_validation.pdf.gz	324.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kpd_full_validation.pdf.gz	386.5 KB	表示
XML形式データ	2kpd_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
CIF形式データ	2kpd_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/2kpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/2kpd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2kpcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xwu-d 1bz3-d 1byx-d 202d-d 2evy-d 6j2w-d 2g1g-d 5a4h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リボスイッチ (Riboswitches)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
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#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*UP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*AP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3')

5.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(UPGPAPGPCPUPCPAPGPUPUPUPGPCPUPCPA)-3') 分子量: 5381.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	2D DQF-COSY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	1	2D 1H-31P-COSY
2	6	1	2D 1H-1H NOESY
2	7	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1-2 mM RNA, 100% D2O	100% D2O
2	1-2 mM RNA, 100% D2O	100% D2O

試料

単位	構成要素	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
mM	RNA	1-2	1
mM	RNA	1-2	2

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	5	ambient	295 K
2	5	ambient	283 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	Schwieters, C.D. et al.	精密化
CARA	Keller, R. et al.	データ解析
TopSpin	Bruker Biospin	collection

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: in water box

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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