[日本語] English
万見
- PDB-1bvu: GLUTAMATE DEHYDROGENASE FROM THERMOCOCCUS LITORALIS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bvu
タイトルGLUTAMATE DEHYDROGENASE FROM THERMOCOCCUS LITORALIS
要素PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thermal Stability
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / L-glutamate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...: / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Baker, P.J. / Britton, K.L. / Yip, K.S. / Stillman, T.J. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure determination of the glutamate dehydrogenase from the hyperthermophile Thermococcus litoralis and its comparison with that from Pyrococcus furiosus
著者: Britton, K.L. / Yip, K.S. / Sedelnikova, S.E. / Stillman, T.J. / Adams, M.W. / Ma, K. / Maeder, D.L. / Robb, F.T. / Tolliday, N. / Vetriani, C. / Rice, D.W. / Baker, P.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Protein Thermostability Above 100C: A Key Role for Ionic Interactions
著者: Vetriani, C. / Maeder, D.L. / Tolliday, N. / Yip, K.S.-P. / Stillman, T.J. / Britton, K.L. / Rice, D.W. / Klump, H.H. / Robb, F.T.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallisation of the Glutamate Dehydrogenase from the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus Litoralis
著者: Sedelnikova, S.E. / Yip, K.S.-P. / Stillman, T.J. / Ma, K. / Adams, M.W.W. / Robb, F.T. / Rice, D.W.
履歴
登録1999年7月20日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)
C: PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)
E: PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)
F: PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,9856
ポリマ－279,9856
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.900, 197.500, 125.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (GLUTAMATE DEHYDROGENASE) / EC 1.4.1.3


分子量: 46664.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus litoralis (古細菌) / 参照: UniProt: Q56304, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化pH: 8
詳細: 35MG/ML PROTEIN IN 0.1M HEPES BUFFER PH 8.0 CONTAINING 1.7-1.8M AMMONIUM SULPHATE AND 1.5% W/V PEG 8000.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoir
31.7-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
41.5 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 101702 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.042
反射
*PLUS
Num. measured all: 173711

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
MLPHARE位相決定
TNT精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: PROTGEO /
反射数%反射
obs96460 87 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19566 0 0 0 19566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る