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- PDB-1buz: SOLUTION STRUCTURE OF SPOIIAA, A PHOSPHORYLATABLE COMPONENT OF TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1buz
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF SPOIIAA, A PHOSPHORYLATABLE COMPONENT OF THE SYSTEM THAT REGULATES TRANSCRIPTION FACTOR SIGMA-F OF BACILLUS SUBTILIS NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素SPOIIAA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / KINASE SUBSTRATE / ANTI-ANTI SIGMA FACTOR / NOVEL ALPHA/BETA FOLD / SPORULATION / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


anti-sigma factor antagonist activity / antisigma factor binding / sporulation resulting in formation of a cellular spore
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma F factor antagonist / Anti-sigma factor antagonist / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma F factor antagonist
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kovacs, H. / Comfort, D. / Lord, M. / Campbell, I.D. / Yudkin, M.D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Solution structure of SpoIIAA, a phosphorylatable component of the system that regulates transcription factor sigmaF of Bacillus subtilis.
著者: Kovacs, H. / Comfort, D. / Lord, M. / Campbell, I.D. / Yudkin, M.D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Activation of Cell-Specific Transcription by a Serine Phosphatase at the Site of Asymmetric Division
著者: Duncan, L. / Alper, S. / Arigoni, F. / Losick, R. / Stragier, P.
#2: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1994
タイトル: Role of Interactions between Spoiiaa and Spoiiab in Regulating Cell-Specific Transcription Factor Sigma F of Bacillus Subtilis
著者: Diederich, B. / Wilkinson, J.F. / Magnin, T. / Najafi, S.M.A. / Errington, J. / Yudkin, M.D.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: An Adenosine Nucleotide Switch Controlling the Activity of a Cell Type-Specific Transcription Factor in B. Subtilis
著者: Alper, S. / Duncan, L. / Losick, R.
#4: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: Sigma F, the First Compartment-Specific Transcription Factor of B. Subtilis, is Regulated by an Anti-Sigma Factor that is Also a Protein Kinase
著者: Min, K.T. / Hilditch, C.M. / Diederich, B. / Errington, J. / Yudkin, M.D.
#5: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1993
タイトル: Molecular and Phenotypic Characterization of Promoter-Proximal Mutations in the Spoiia Locus of Bacillus Subtilis
著者: Challoner-Courtney, I.J. / Yudkin, M.D.
履歴
登録1997年9月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年8月8日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_nmr_details ...entity_src_gen / pdbx_nmr_details / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.host_org_genus ..._entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.host_org_genus / _entity_src_gen.host_org_species / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_refine.method / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer
改定 1.52024年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPOIIAA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8751
ポリマ－12,8751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100TARGET FUNCTION AND LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1target function and least restraint violations

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要素

#1: タンパク質 SPOIIAA


分子量: 12874.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NON-PHOSPHORYLATED FORM / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: SG38 / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: SPOIIAA / プラスミド: PEAA / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): SPOIIAA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10727

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131HSQC
141HMQC-J
151HNCA
161CBCA(CO)NH
171HBHA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: SEQUENTIAL ASSIGNMENT WAS OBTAINED BY ANALYSIS OF HNCA, CBCA(CO)NH, HAHB(CO)NH AND 15N- CORRELATED NOESY SPECTRA. DISTANCE CONSTRAINTS WERE COLLECTED FROM NOESY SPECTRA IN H2O AND D2O AND A 15N- ...Text: SEQUENTIAL ASSIGNMENT WAS OBTAINED BY ANALYSIS OF HNCA, CBCA(CO)NH, HAHB(CO)NH AND 15N- CORRELATED NOESY SPECTRA. DISTANCE CONSTRAINTS WERE COLLECTED FROM NOESY SPECTRA IN H2O AND D2O AND A 15N- CORRELATED NOESY SPECTRA THE 3JHNA COUPLING CONSTANTS FOR DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS WERE DETERMINED FROM A HMQC-J SPECTRUM OF THE 15N-LABELED SAMPLE.

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM SpoIIAA protein, 25 mM NaCl/25 mM K2HPO4/1 mM DTT, pH 7.0, 95% H2O/5% D2Osample_195% H2O/5% D2O
solution20.7 mM [U-15N] SpoIIAA protein, 25 mM NaCl/25 mM K2HPO4/1 mM DTT, pH 7.0, 95% H2O/5% D2Osample_295% H2O/5% D2O
solution30.7 mM [U-13C; U-15N] SpoIIAA protein, 25 mM NaCl/25 mM K2HPO4/1 mM DTT, pH 7.0, 95% H2O/5% D2Osample_395% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSpoIIAA proteinnatural abundance1
0.7 mMSpoIIAA protein[U-15N]2
0.7 mMSpoIIAA protein[U-13C; U-15N]3
25 mMNaClnatural abundance1
25 mMNaClnatural abundance2
25 mMNaClnatural abundance3
25 mMK2HPO4natural abundance1
25 mMK2HPO4natural abundance2
25 mMK2HPO4natural abundance3
1 mMDTTnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance3
試料状態Label: sample_conditions / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home-built HOMEBUILTHome-builtHOMEBUILT5001
Home-built HOMEBUILTHome-builtHOMEBUILT7502

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
DYANA精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.3GUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA1.3GUNTERT,WUTHRICH構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT WITH TORSION ANGLE DYNAMICS. THE TOTAL NUMBER OF STEPS WAS 6000; HIGH TEMP. STAGE 1/5TH OF TOTAL. 1000 STEPS OF CONJUGANT GRADIENT MINIMIZATION.
代表構造選択基準: target function and least restraint violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TARGET FUNCTION AND LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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