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- PDB-1bug: CATECHOL OXIDASE FROM IPOMOEA BATATAS (SWEET POTATOES)-INHIBITOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bug
タイトルCATECHOL OXIDASE FROM IPOMOEA BATATAS (SWEET POTATOES)-INHIBITOR COMPLEX WITH PHENYLTHIOUREA (PTU)
要素PROTEIN (CATECHOL OXIDASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATECHOL OXIDASE / DICOPPER ENZYME / IPOMOEA BATATAS
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol oxidase / catechol oxidase activity / chloroplast thylakoid lumen / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphenol oxidase, central domain / Polyphenol oxidase, C-terminal / Polyphenol oxidase middle domain / Chloroplastic Polyphenol Oxidase C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase copper-binding domain ...Polyphenol oxidase, central domain / Polyphenol oxidase, C-terminal / Polyphenol oxidase middle domain / Chloroplastic Polyphenol Oxidase C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / N-PHENYLTHIOUREA / Polyphenol oxidase I, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ipomoea batatas (サツマイモ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Klabunde, T. / Eicken, C. / Sacchettini, J.C. / Krebs, B.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a plant catechol oxidase containing a dicopper center.
著者: Klabunde, T. / Eicken, C. / Sacchettini, J.C. / Krebs, B.
履歴
登録1998年9月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CATECHOL OXIDASE)
B: PROTEIN (CATECHOL OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1888
ポリマ－77,6292
非ポリマー5596
水3,261181
1
A: PROTEIN (CATECHOL OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0944
ポリマ－38,8151
非ポリマー2793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (CATECHOL OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0944
ポリマ－38,8151
非ポリマー2793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.820, 164.750, 52.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999994, 0.003448, 0.000988), (0.003495, -0.998614, -0.052519), (0.000806, 0.052522, -0.998619)
ベクター: -16.8033, 238.87309, 42.7681)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CATECHOL OXIDASE) / O-DIPHENOL OXIDASE


分子量: 38814.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COVALENT THIOETHER BOND BETWEEN H109 AND C92 / 由来: (天然) Ipomoea batatas (サツマイモ) / 器官: MATURE TUBER / 参照: UniProt: Q9ZP19, catechol oxidase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-URS / N-PHENYLTHIOUREA


分子量: 152.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 277K FROM SOLUTIONS CONTAINING 14 MG/ML PROTEIN, 120 MG/ML PEG6000, 500 MM NACL, 50 MM HEPES, PH 7.0 EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION CONTAINING 200 MG/ML PEG6000., ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 277K FROM SOLUTIONS CONTAINING 14 MG/ML PROTEIN, 120 MG/ML PEG6000, 500 MM NACL, 50 MM HEPES, PH 7.0 EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION CONTAINING 200 MG/ML PEG6000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
2120 mg/mlPEG60001drop
3500 mM1dropNaCl
450 mMHEPES1drop
5200 mg/mlPEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 19405 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rsym value: 0.167 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 53694 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 % / Rmerge(I) obs: 0.167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
MLPHARE位相決定
SHARP位相決定
直接法モデル構築
X-PLOR3.1精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 3
詳細: RESIDUES INVOLVED IN PACKING INTERACTIONS WERE EXCLUDED FROM THE NCS RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 -5 %
Rwork0.181 --
obs0.181 18895 93.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 13.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5332 0 24 181 5537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev position: 0.0967 Å / Weight position: 100
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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