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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bto | ||||||
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タイトル | HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED TO NADH AND (1S,3R)3-BUTYLTHIOLANE 1-OXIDE | ||||||
![]() | LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / SULFOXIDE | ||||||
機能・相同性 | ![]() alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Flexibility of liver alcohol dehydrogenase in stereoselective binding of 3-butylthiolane 1-oxides. 著者: Cho, H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. #1: ![]() タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.P. / Branden, C.I. #2: ![]() タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 A Resolution 著者: Eklund, H. / Samma, J.P. / Wallen, L. / Branden, C.I. / Akeson, A. / Jones, T.A. #3: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 323.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 260.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 108.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: COMMERCIAL PREPARATION OF ENZYME FROM HORSE LIVER. CDNA SEQUENCE M64864 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-SSB / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: batch dialysis / pH: 7 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE BATCH DIALYSIS METHOD USING MPD AS THE PRECIPITANT AT PH 7.0, 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]-2 AMINOETHANESULFONATE, WITH 0.66 MM NADH AND 0. ...詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE BATCH DIALYSIS METHOD USING MPD AS THE PRECIPITANT AT PH 7.0, 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]-2 AMINOETHANESULFONATE, WITH 0.66 MM NADH AND 0.76 MM 3-BUTYLTHIOLANE 1-OXIDE., batch dialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 78371 / % possible obs: 79 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.152 / % possible all: 31 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 31 % / Rmerge(I) obs: 0.152 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HLD 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: STRUCTURE WAS REFINED WITH NCS RESTRAINTS -TIGHT CLASS. FOR THE BEST REFINED STRUCTURE OF ADH FROM THE DEPOSITORS' LAB USE COORDINATES OF PEAK 3 OF BTO COMPLEX.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |