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- PDB-1brr: X-RAY STRUCTURE OF THE BACTERIORHODOPSIN TRIMER/LIPID COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1brr
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE BACTERIORHODOPSIN TRIMER/LIPID COMPLEX
要素PROTEIN (BACTERIORHODOPSIN)
キーワードPROTON TRANSPORT / PROTON PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECAN-1-OL / beta-D-glucopyranose / N-OCTANE / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Siegert, R. / Oesterhelt, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Lipid patches in membrane protein oligomers: crystal structure of the bacteriorhodopsin-lipid complex
著者: Essen, L. / Siegert, R. / Lehmann, W.D. / Oesterhelt, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Orthorhombic Crystal Form of Bacteriorhodopsin Nucleated on Benzamidine Diffracting to 3.6 Angstrom Resolution
著者: Schertler, G.F.X. / Bartunik, H.D. / Michel, H. / Oesterhelt, D.
履歴
登録1998年7月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BACTERIORHODOPSIN)
B: PROTEIN (BACTERIORHODOPSIN)
C: PROTEIN (BACTERIORHODOPSIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,79923
ポリマ－80,2213
非ポリマー5,57820
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18020 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.520, 105.960, 80.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.4482, -0.554, 0.7016), (0.4964, -0.4985, -0.7107), (0.7434, 0.6668, 0.0516)4.813, -4.166, -6.541
2given(0.4413, -0.5566, 0.7039), (0.4966, -0.5018, -0.7082), (0.7474, 0.6621, 0.055)5.079, -4.209, -6.705

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PROTEIN (BACTERIORHODOPSIN) / BR


分子量: 26740.330 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SCHIFF BASE BETWEEN LYS 216 AND RET 999 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 細胞内の位置: MEMBRANE / 株: R1 / 参照: UniProt: P02945

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 584.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalp[3S]b1-6DManpa1-2DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_3*OSO/3=O/3=O]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Galp3SO3]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-ARC / 3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECAN-1-OL


分子量: 298.547 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 5.2 / 詳細: SEE REFERENCE 2, pH 5.2
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19-11.5 mg/mlprotein1drop
20.25 %(w/v)beta-octylglucopyranoside1drop
32 %(w/v)benzamidine1drop
4250 mMsodium phosphate1drop
51.5 Msodium phosphate1drop
61.8-2.3 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 18504 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 43.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 48145
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 43.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BRD

2brd


解像度: 2.9→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 530 3 %SPHERICAL SHELLS
Rwork0.256 ---
obs0.256 18113 83.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6 Å20 Å224.1 Å2
2--36.4 Å20 Å2
3----101.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5296 0 376 0 5672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.252
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.43
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.191
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.2841.302
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.2022.243
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.6221.666
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.3422.437
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev Biso (Å2)Weight Biso
22RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION6.0076.291
33X-RAY DIFFRACTION6.0076.291
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 34 3 %
Rwork0.214 1027 -
obs--43.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARRETIN.PROTOPRETIN.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 58.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.43
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.191
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor Rwork: 0.214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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