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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bp1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BPI, THE HUMAN BACTERICIDAL PERMEABILITY-INCREASING PROTEIN | ||||||
![]() | BACTERICIDAL/PERMEABILITY-INCREASING PROTEIN | ||||||
![]() | BACTERICIDAL / PERMEABILITY-INCREASING / LIPID-BINDING / LIPOPOLYSACCHARIDE-BINDING / ANTIBIOTIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of macrophage activation / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of interleukin-8 production / Antimicrobial peptides / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / azurophil granule lumen ...negative regulation of macrophage activation / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of interleukin-8 production / Antimicrobial peptides / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / azurophil granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Beamer, L.J. / Carroll, S.F. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human BPI and two bound phospholipids at 2.4 angstrom resolution. 著者: Beamer, L.J. / Carroll, S.F. / Eisenberg, D. #1: ![]() タイトル: Prospects for Use of Rbpi Fragments in the Treatment of Gram-Negative Bacterial Infections 著者: Elsbach, P. / Weiss, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 826.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 839.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50703.691 Da / 分子数: 1 / 変異: S351A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P17213 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | BPI HAS TWO SIMILAR DOMAINS WHICH SHOW NO SIGNIFICAN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: CRYSTALLIZED IN 12% PEG 8000, 0.2 M MG ACETATE, 0.1 NA CACODYLATE PH 6.8 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 18908 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rsym value: 0.072 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.368 |