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- PDB-3kpt: Crystal structure of BcpA, the major pilin subunit of Bacillus cereus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpt
タイトルCrystal structure of BcpA, the major pilin subunit of Bacillus cereus
要素Collagen adhesion protein
キーワードCELL ADHESION / Intramolecular Amide Bond / Pilin Subunit / Beta Sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen adhesion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Poor, C.B. / Budzik, J.M. / Schneewind, O. / He, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Intramolecular amide bonds stabilize pili on the surface of bacilli.
著者: Budzik, J.M. / Poor, C.B. / Faull, K.F. / Whitelegge, J.P. / He, C. / Schneewind, O.
履歴
登録2009年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年8月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms ...database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen adhesion protein
B: Collagen adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9703
ポリマ－78,9302
非ポリマー401
水4,071226
1
A: Collagen adhesion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4651
ポリマ－39,4651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Collagen adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5052
ポリマ－39,4651
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.552, 73.862, 201.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Collagen adhesion protein


分子量: 39465.164 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 163-515 / 変異: L182M, I261M, L357M, L426M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: bcpA, BC_2508 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81D71
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Calcium acetate, 0.05M Tris-HCl pH 7.5, 0.15M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97929, 0.97946, 0.96863
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979461
30.968631
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 48052 / Num. obs: 48052 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 57.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.102→41.6066 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2767 1944 4.16 %random
Rwork0.2308 ---
all0.2327 46778 --
obs0.2327 46778 85.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.092 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→41.6066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5481 0 1 226 5708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6997500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2692101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.102-2.15460.3291780.28211953X-RAY DIFFRACTION53
2.1546-2.21280.3892920.27432164X-RAY DIFFRACTION59
2.2128-2.27790.3462990.28412342X-RAY DIFFRACTION64
2.2779-2.35140.34491130.28752618X-RAY DIFFRACTION71
2.3514-2.43550.37791240.27992914X-RAY DIFFRACTION79
2.4355-2.5330.33721400.27583169X-RAY DIFFRACTION86
2.533-2.64820.31621470.28453394X-RAY DIFFRACTION92
2.6482-2.78780.35191640.29133616X-RAY DIFFRACTION98
2.7878-2.96250.36111620.29453695X-RAY DIFFRACTION100
2.9625-3.19110.36341590.27213721X-RAY DIFFRACTION100
3.1911-3.51210.28371620.25183729X-RAY DIFFRACTION100
3.5121-4.020.27341650.21723753X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.06330.22381660.16933803X-RAY DIFFRACTION100
5.0633-41.60660.20051730.19073963X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.8208-0.73230.32022.4081-0.47322.7743-0.0514-0.0237-0.1344-0.20760.06690.1487-0.2625-0.7511-0.02830.18250.03640.01370.29030.00060.21530.841134.641962.7006
22.18670.0881-1.5996-0.0108-0.80484.505-0.13580.1624-0.0146-0.2806-0.0632-0.08480.37520.43590.18330.47940.03820.11890.180.03020.2242
32.7108-0.1138-1.1811.1898-0.33021.8063-0.43470.3925-0.1723-0.02490.0702-0.01851.3295-0.98330.31011.0953-0.13380.21330.5157-0.08380.3003
43.16370.0382-1.58392.5911-1.78374.0990.09790.32180.0343-0.2866-0.08620.0157-0.8295-0.3588-0.11130.2089-0.05740.06820.0819-0.02430.0747
53.59880.21642.19491.19241.1936.1890.9842-0.1174-0.31110.8951-0.3318-0.05072.11540.2825-0.58520.9050.1078-0.17340.3115-0.07090.2492
60.39491.29511.64093.2548-0.18272.88190.18380.694-0.3851-0.27590.4208-0.29510.65061.4772-0.43360.44780.4956-0.13820.8944-0.28680.2777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 141:242A141 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 243:384A243 - 384
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 385:490A385 - 490
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resseq 136:242B136 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resseq 243:384B243 - 384
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 385:490B385 - 490

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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