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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bmo | |||||||||
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タイトル | BM-40, FS/EC DOMAIN PAIR | |||||||||
![]() | BM-40 | |||||||||
![]() | EXTRACELLULAR MODULE / GLYCOPROTEIN / ANTI-ADHESIVE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Scavenging by Class H Receptors / platelet alpha granule membrane / platelet alpha granule / regulation of cell morphogenesis / extracellular matrix binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / basement membrane / ECM proteoglycans / Nuclear signaling by ERBB4 / endocytic vesicle lumen ...Scavenging by Class H Receptors / platelet alpha granule membrane / platelet alpha granule / regulation of cell morphogenesis / extracellular matrix binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / basement membrane / ECM proteoglycans / Nuclear signaling by ERBB4 / endocytic vesicle lumen / collagen binding / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / nuclear matrix / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hohenester, E. / Maurer, P. / Timpl, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a pair of follistatin-like and EF-hand calcium-binding domains in BM-40. 著者: Hohenester, E. / Maurer, P. / Timpl, R. #1: ![]() タイトル: Structure of a Novel Extracellular Ca(2+)-Binding Module in Bm-40 著者: Hohenester, E. / Maurer, P. / Hohenadl, C. / Timpl, R. / Jansonius, J.N. / Engel, J. #2: ![]() タイトル: The C-Terminal Portion of Bm-40 (Sparc/Osteonectin) is an Autonomously Folding and Crystallisable Domain that Binds Calcium and Collagen Iv 著者: Maurer, P. / Hohenadl, C. / Hohenester, E. / Gohring, W. / Timpl, R. / Engel, J. #3: ![]() タイトル: The Biology of Sparc, a Protein that Modulates Cell-Matrix Interactions 著者: Lane, T.F. / Sage, E.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 961 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 968.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1sraS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27111.934 Da / 分子数: 2 / 断片: FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % 解説: THE R-FACTOR AFTER RIGID-BODY REFINEMENT OF THE TWO EC DOMAINS WAS 0.46 (8-3.1 A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20 DEG C: 10 MG/ML PROTEIN IN 10 MM TRIS PH 7.5 + 2 MM CACL2; 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.15 M NA-ACETATE, 15% PEG4K, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→25 Å / Num. obs: 14328 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 85.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47563 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BM-40 EC DOMAIN (PDB ENTRY 1SRA) 解像度: 3.1→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL WIT NCS RESTRAINTS 交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 0 詳細: A BULK SOLVENT CORRECTION WAS USED (R=0.25, K=0.33, B=50A**2)
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.23 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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