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万見
- PDB-1bm0: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SERUM ALBUMIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bm0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SERUM ALBUMIN
要素SERUM ALBUMIN
キーワードCARRIER PROTEIN / ALBUMIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sugio, S. / Kashima, A. / Mochizuki, S. / Noda, M. / Kobayashi, K.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of human serum albumin at 2.5 A resolution.
著者: Sugio, S. / Kashima, A. / Mochizuki, S. / Noda, M. / Kobayashi, K.
#1: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1994
タイトル: Structure of Serum Albumin
著者: Carter, D.C. / Ho, J.X.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Four Crystal Forms of Serum Albumin
著者: Carter, D.C. / Chang, B. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Krishnasami, Z.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Erratum. Atomic Structure and Chemistry of Human Serum Albumin
著者: He, X.M. / Carter, D.C.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Atomic Structure and Chemistry of Human Serum Albumin
著者: He, X.M. / Carter, D.C.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Structure of Human Serum Albumin
著者: Carter, D.C. / He, X.M.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Three-Dimensional Structure of Human Serum Albumin
著者: Carter, D.C. / He, X.M. / Munson, S.H. / Twigg, P.D. / Gernert, K.M. / Broom, M.B. / Miller, T.Y.
履歴
登録1998年7月28日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERUM ALBUMIN
B: SERUM ALBUMIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1422
ポリマ－133,1422
非ポリマー00
水724
1
A: SERUM ALBUMIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5711
ポリマ－66,5711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SERUM ALBUMIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5711
ポリマ－66,5711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.360, 96.890, 59.240
Angle α, β, γ (deg.)91.04, 103.40, 74.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 SERUM ALBUMIN


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 77 %
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.5 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1150-255 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
330-38 %(v/v)PEG4001drop
45 mMsodium azide1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月14日 / 詳細: YALE/MSC MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→93.47 Å / Num. obs: 36149 / % possible obs: 71.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 4.37
反射 シェル解像度: 2.37→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 36.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 36 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CONTROLデータ収集
PROCESSデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CONTROLデータ削減
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN SERUM ALBUMIN (1AO6)

1ao6


解像度: 2.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: POSTERIORI / σ(F): 0
詳細: THE AUTHORS USED BULK SOLVENT CORRECTION AND WEIGHTING SCHEME DEPENDENT ON RESOLUTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 3337 10.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 33040 77.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9200 0 0 4 9204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 213 10.3 %
Rwork0.292 1863 -
obs--48.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.42 / Rfactor obs: 0.292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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