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- PDB-1bks: TRYPTOPHAN SYNTHASE (E.C.4.2.1.20) FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bks
タイトルTRYPTOPHAN SYNTHASE (E.C.4.2.1.20) FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
要素(TRYPTOPHAN SYNTHASE) x 2
キーワードLYASE / MULTIENZYME COMPLEX / TIM BARREL / PYRIDOXAL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hyde, C.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Exchange of K+ or Cs+ for Na+ induces local and long-range changes in the three-dimensional structure of the tryptophan synthase alpha2beta2 complex.
著者: Rhee, S. / Parris, K.D. / Ahmed, S.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of a Mutant (Betak87T) Tryptophan Synthase Alpha2Beta2 Complex with Ligands Bound to the Active Sites of the Alpha-and Beta-Subunits Reveal Ligand-Induced Conformational Changes
著者: Rhee, S. / Parris, K.D. / Hyde, C.C. / Ahmed, S.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R.
#2: ジャーナル: Bio/Technology / 年: 1990
タイトル: The Tryptophan Synthase Multienzyme Complex: Exploring Structure-Function Relationships with X-Ray Crystallography and Mutagenesis
著者: Hyde, C.C. / Miles, E.W.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tryptophan Synthase Alpha 2 Beta 2 Multienzyme Complex from Salmonella Typhimurium
著者: Hyde, C.C. / Ahmed, S.A. / Padlan, E.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Data of the Tryptophan Synthase Alpha 2 Beta 2 Complex from Salmonella Typhimurium
著者: Ahmed, S.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R.
履歴
登録1998年7月10日処理サイト: BNL
置き換え1999年3月23日ID: 1WSY
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPTOPHAN SYNTHASE
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9584
ポリマ－71,6882
非ポリマー2702
水5,260292
1
A: TRYPTOPHAN SYNTHASE
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE
ヘテロ分子

A: TRYPTOPHAN SYNTHASE
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9168
ポリマ－143,3764
非ポリマー5404
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.580, 62.065, 67.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRYPTOPHAN SYNTHASE / TRYPTOPHAN SYNTHETASE


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURE OF WILD TYPE, HOLO-ENZYME
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: TB2211 / 遺伝子: TRPA/TRPB/TRPC / プラスミド: PSTH8 / 遺伝子 (発現宿主): TRPA/TRPB/TRPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DEFICIENT IN TRP EDCBA / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 TRYPTOPHAN SYNTHASE / TRYPTOPHAN SYNTHETASE


分子量: 42988.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURE OF WILD TYPE, HOLO-ENZYME
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: TB2211 / 遺伝子: TRPA/TRPB/TRPC / プラスミド: PSTH8 / 遺伝子 (発現宿主): TRPA/TRPB/TRPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DEFICIENT IN TRP EDCBA / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化開始モデル: 1WSY

1wsy
PDB 未公開エントリ


最高解像度: 2.2 Å
詳細: THE AUTHORS OF THIS ENTRY HAVE NOT PROVIDED REFINEMENT DETAILS.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4906 0 16 292 5214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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