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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bjr | ||||||
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タイトル | COMPLEX FORMED BETWEEN PROTEOLYTICALLY GENERATED LACTOFERRIN FRAGMENT AND PROTEINASE K | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEINASE K / LACTOFERRIN / IRON TRANSPORT / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, T.P. / Sharma, S. / Karthikeyan, S. / Betzel, C. / Bhatia, K.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a complex formed between proteolytically-generated lactoferrin fragment and proteinase K. 著者: Singh, T.P. / Sharma, S. / Karthikeyan, S. / Betzel, C. / Bhatia, K.L. #1: ![]() タイトル: Inhibition of Proteinase K by Methoxysuccinyl-Ala-Ala-Pro-Ala-Chloromethyl Ketone. An X-Ray Study at 2.2-A Resolution 著者: Wolf, W.M. / Bajorath, J. / Muller, A. / Raghunathan, S. / Singh, T.P. / Hinrichs, W. / Saenger, W. #2: ![]() タイトル: Synchrotron X-Ray Data Collection and Restrained Least-Squares Refinement of the Crystal Structure of Proteinase K at 1.5 A Resolution 著者: Betzel, C. / Pal, G.P. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3prkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 813.899 Da / 分子数: 1 / Fragment: FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: microdialysis / pH: 6 詳細: 60 MG/ML PROTEIN IN 10MM TRIS.HCL, PH 6.0 WAS MICRODIALYZED AGAINST 10% ETHANOL AT 6 DEGREE CELSIUS, microdialysis, temperature 279K | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: PIN HOLE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→12 Å / Num. obs: 9051 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.42 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Rsym value: 0.168 / % possible all: 80.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 23005 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3PRK 解像度: 2.44→12 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 12 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.9 Å / Rfactor obs: 0.214 |