[日本語] English
万見
- PDB-1biv: BOVINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS TAT-TAR COMPLEX, NMR, 5 STRUCTURES -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1biv
タイトルBOVINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS TAT-TAR COMPLEX, NMR, 5 STRUCTURES
要素
  • TAR RNA
  • TAT PEPTIDE
キーワードViral protein/RNA / TAT-TAR / ARG-GUA INTERACTIONS / BUTTRESSING U(DOT)AU BASE TRIPLE / GLYCINE AND ISOLEUCINE PACKING / PEPTIDE RNA RECOGNITION / RNA BENDING / COMPLEX (RIBONUCLEIC ACID-PEPTIDE) / Viral protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral transcription / host cell nucleolus / RNA-binding transcription regulator activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat)
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein Tat
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bovine immunodeficiency virus (ウシ免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Ye, X. / Kumar, R.A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1995
タイトル: Molecular recognition in the bovine immunodeficiency virus Tat peptide-TAR RNA complex.
著者: Ye, X. / Kumar, R.A. / Patel, D.J.
履歴
登録1996年6月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年5月25日Group: Structure summary
改定 1.42019年8月21日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.src_method / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_keywords.text
改定 1.52024年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TAR RNA
B: TAT PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8952
ポリマ－10,8952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 5structures with acceptable covalent geometry and least restraint violations
代表モデル

-
要素

#1: RNA鎖 TAR RNA


分子量: 8923.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE RNA WAS UNIFORMLY LABELLED WITH (13)C AND (15)N / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド TAT PEPTIDE


分子量: 1971.328 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 65 - 81 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bovine immunodeficiency virus (ウシ免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P19564

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
試料調製

試料状態Label: sample conditions / pH: 6.8 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1FBRUNGER精密化
CurvesLavery & Sklenarデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Restrained molecular dynamics calculations were performed on the Tat-TAR complex with a simulated annealing protocol in vacuum with a distance-dependent dielectric constant.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry and least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 5 / 登録したコンフォーマーの数: 5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る