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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bga | ||||||
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タイトル | BETA-GLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA | ||||||
要素 | BETA-GLUCOSIDASE A | ||||||
キーワード | GLYCOSIDASE / FAMILY 1 BETA-GLUCOSIDASE / GLYCOSYL HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Paenibacillus polymyxa (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Martinez-Ripoll, M. / Polaina, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of beta-glucosidase A from Bacillus polymyxa: insights into the catalytic activity in family 1 glycosyl hydrolases. 著者: Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Martinez-Ripoll, M. / Lequerica, J.L. / Polaina, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of a Type I Beta-Glucosidase Encoded by the Bgla Gene of Bacillus Polymyxa 著者: Sanz-Aparicio, J. / Romero, A. / Martinez-Ripoll, M. / Madarro, A. / Flors, A. / Polaina, J. #2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1992 タイトル: Purification and Characterization of a Bacillus Polymyxa Beta-Glucosidase Expressed in Escherichia Coli 著者: Painbeni, E. / Valles, S. / Polaina, J. / Flors, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bga.cif.gz | 391.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bga.ent.gz | 320.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bga.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bga_validation.pdf.gz | 387 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bga_full_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bga_validation.xml.gz | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bga_validation.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bga | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51567.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus polymyxa (バクテリア) 遺伝子: BGLA / プラスミド: PUC DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3) / 参照: UniProt: P22073, beta-glucosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.3 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3 M NA/K PHOSPHATE, PH 8.3, 5 MICRO-L PROTEIN, 14 MG/ML, 5 MICRO-L RESERVOIR | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: co-crystallization | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 176 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / タイプ: LURE / 波長: 0.983 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.983 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→26.54 Å / Num. obs: 117344 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 92.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 584536 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CBG 解像度: 2.4→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3 |