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万見
- PDB-1e4i: 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucosyl/enzyme intermediate complex of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e4i
タイトル2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucosyl/enzyme intermediate complex of the beta-glucosidase from Bacillus polymyxa
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / FAMILY 1 GLYCOSYL HYDROLASE / COVALENT ENZYME-GLYCOSIDE INTERMEDIATE / ALPHA/BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / Chem-NFG / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS POLYMYXA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sanz-Aparicio, J. / Gonzalez, B. / Hermoso, J.A. / Arribas, J.C. / Canada, F.J. / Polaina, J.
引用
ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1998
タイトル: Structural Basis of Increased Resistance to Thermal Denaturation Induced by Single Amino Acid Substitution in the Sequence of Beta-Glucosidase a from Bacillus Polymyxa.
著者: Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Martinez-Ripoll, M. / Gonzalez, B. / Lopez-Camacho, C. / Polaina, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Beta-Glucosidase a from Bacillus Polymyxa: Insights Into the Catalytic Activity in Family 1 Glycosyl Hydrolases
著者: Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Martinez-Ripoll, M. / Gonzalez, B. / Lopez-Camacho, C. / Polaina, J.
履歴
登録2000年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32020年7月1日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0973
ポリマ－51,5671
非ポリマー5302
水4,216234
1
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,77624
ポリマ－412,5338
非ポリマー4,24316
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area20070 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area140580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.230, 136.230, 173.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細BIOMOLECULE

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 51566.570 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS POLYMYXA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P22073, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose / 2-フルオロ-D-ブドウ糖


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
a-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-NFG / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranoside / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucoside / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-D-glucoside / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 348.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13FN2O9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7
詳細: DROP: 10 MICROL PROTEIN (8 MG/ML)+ 5 MICROL PP(1M, PH=7)+5 MICROL INH (5MM) RESERVOIR: 1.3M PP, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.989
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→42.3 Å / Num. obs: 56246 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rsym value: 0.34 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BGA

1bga


解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 -7 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 53692 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 35 234 3913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.28 -
Rwork0.26 5860
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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