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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bg9 | |||||||||
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タイトル | BARLEY ALPHA-AMYLASE WITH SUBSTRATE ANALOGUE ACARBOSE | |||||||||
![]() | 1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / O-GLYCOSYL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Kadziola, A. / Haser, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular structure of a barley alpha-amylase-inhibitor complex: implications for starch binding and catalysis. 著者: Kadziola, A. / Sogaard, M. / Svensson, B. / Haser, R. #1: ![]() タイトル: Crystal and Molecular Structure of Barley Alpha-Amylase 著者: Kadziola, A. / Abe, J.I. / Svensson, B. / Haser, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1amyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44986.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 多糖 | 4,6-dideoxy-4-{[(1S,5R,6S)-3-formyl-5,6-dihydroxy-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-xylo-hex-5- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,5R,6S)-3-formyl-5,6-dihydroxy-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-xylo-hex-5-enopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 477.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 | ||||
#3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-AF1 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % 解説: COMPLEX BETWEEN BARLEY ALPHA-AMYLASE AND SUBSTRATE ANALOGUE ACARBOSE | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Svensson, B., (1987) J. Biol. Chem., 262, 13682. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.729 Å / Num. obs: 17688 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.729→2.9 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 44.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 61039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 44.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: REFINEMENT DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: 1AMY 解像度: 2.8→10 Å 交差検証法: THE VERSION OF X-PLOR (2.1) ORIGINALLY USED FOR REFINEMENT THE FREE R TEST WAS NOT AN OPTION. THEREFORE WE HAVE GIVEN THE OVERALL R FACTOR (TEST+WORKING) INSTEAD OF (WORK) TOGETHER ...交差検証法: THE VERSION OF X-PLOR (2.1) ORIGINALLY USED FOR REFINEMENT THE FREE R TEST WAS NOT AN OPTION. THEREFORE WE HAVE GIVEN THE OVERALL R FACTOR (TEST+WORKING) INSTEAD OF (WORK) TOGETHER WITH AN ESTIMATE OF THE FREE R (TEST) VALUE BASED ON A SIMULATED ANNEALING REFINEMENT WITH A NEWER VERSION OF X-PLOR (3.1). σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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