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- PDB-1bfo: CAMPATH-1G IGG2B RAT MONOCLONAL FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bfo
タイトルCAMPATH-1G IGG2B RAT MONOCLONAL FAB
要素(CAMPATH-1G ANTIBODY) x 2
キーワードANTIBODY / FAB / CAMPATH-1G / CD52
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Ig kappa chain C region, B allele / Ig gamma-2B chain C region
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cheetham, G.M.T. / Hale, G. / Waldmann, H. / Bloomer, A.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of a rat anti-CD52 (CAMPATH-1) therapeutic antibody Fab fragment and its humanized counterpart.
著者: Cheetham, G.M. / Hale, G. / Waldmann, H. / Bloomer, A.C.
履歴
登録1998年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMPATH-1G ANTIBODY
B: CAMPATH-1G ANTIBODY
C: CAMPATH-1G ANTIBODY
D: CAMPATH-1G ANTIBODY
E: CAMPATH-1G ANTIBODY
F: CAMPATH-1G ANTIBODY
G: CAMPATH-1G ANTIBODY
H: CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,1508
ポリマ－187,1508
非ポリマー00
水6,972387
1
A: CAMPATH-1G ANTIBODY
B: CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7872
ポリマ－46,7872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
2
C: CAMPATH-1G ANTIBODY
D: CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7872
ポリマ－46,7872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
3
E: CAMPATH-1G ANTIBODY
F: CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7872
ポリマ－46,7872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
4
G: CAMPATH-1G ANTIBODY
H: CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7872
ポリマ－46,7872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.280, 108.150, 166.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99985, -0.0148, 0.00952), (0.01612, 0.98725, -0.15835), (-0.00706, 0.15848, 0.98734)-0.8958, 22.6902, -43.60738
2given(0.99988, -0.01321, 0.00771), (0.01419, 0.98938, -0.14465), (-0.00571, 0.14474, 0.98945)0.2631, 1.48896, 79.34945
3given(1, 0.0015, -0.00027), (-0.0015, 0.99993, 0.01152), (0.00029, -0.01152, 0.99993)-0.01072, -2.09713, 41.24548
4given(0.99969, -0.01353, 0.02083), (0.01654, 0.98828, -0.15174), (-0.01853, 0.15204, 0.9882)-2.64081, 21.81482, -43.37776
5given(0.99968, -0.01166, 0.02246), (0.0146, 0.99069, -0.13537), (-0.02067, 0.13566, 0.99054)-0.13803, 1.34039, 79.8312
6given(1, -0.00097, 0.00021), (0.00097, 0.99985, 0.01709), (-0.00023, -0.01709, 0.99985)-0.01343, -2.59728, 41.33634
7given(0.99982, -0.01396, 0.01253), (0.01384, 0.99986, 0.00938), (-0.01266, -0.0092, 0.99988)-0.99241, -0.15637, -40.67351
8given(0.99977, -0.01213, 0.01783), (0.01267, 0.99946, -0.03032), (-0.01745, 0.03054, 0.99938)0.47702, 0.11285, 82.49768
9given(0.99991, 0.00391, 0.01284), (-0.00304, 0.99771, -0.06761), (-0.01307, 0.06757, 0.99763)-0.72399, 2.20334, 38.85812
10given(0.99984, -0.01699, 0.00616), (0.01694, 0.99982, 0.00857), (-0.0063, -0.00846, 0.99994)-0.0156, -0.16374, -40.92933
11given(0.99989, -0.013, 0.00698), (0.01312, 0.99977, -0.01699), (-0.00675, 0.01708, 0.99983)0.58564, 0.11642, 82.76543
12given(1, 0.00232, 0.00104), (-0.00228, 0.99949, -0.03176), (-0.00111, 0.03176, 0.99949)-0.14544, 0.49609, 40.02153

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要素

#1: 抗体
CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量: 23524.322 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus rattus (エジプトネズミ) / Secretion: ASCITIC FLUID / 参照: GenBank: 4096754, UniProt: P01835*PLUS
#2: 抗体
CAMPATH-1G ANTIBODY


分子量: 23263.066 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus rattus (エジプトネズミ) / Secretion: ASCITIC FLUID / 参照: GenBank: 1220486, UniProt: P20761*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 %PEG100001reservoir
30.2 Mimidazole/malate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 47690 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 53.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 78.6
反射
*PLUS
冗長度: 2.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.6 % / Rmerge(I) obs: 0.327

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATA/AGROVATAデータ削減
CNS0.3精密化
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CNS0.3位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PARTIALLY REFINED CAMPATH-1H

解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: EACH OF FAB DOMAINS VL, CL, VH AND CH1 COORDINATES AND TEMPERATURE FACTORS RESTRAINED TO BE EQUAL IN EACH OF FOUR MOLECULES WITH CNS NCS POSITIONAL RESTRAINTS = 300.00 KCAL/MOL-A**2 AND B ...詳細: EACH OF FAB DOMAINS VL, CL, VH AND CH1 COORDINATES AND TEMPERATURE FACTORS RESTRAINED TO BE EQUAL IN EACH OF FOUR MOLECULES WITH CNS NCS POSITIONAL RESTRAINTS = 300.00 KCAL/MOL-A**2 AND B FACTOR TARGET DEVIATION = 0.5A**2. NO NCS RESTRAINTS APPLIED TO RESIDUES IN ELBOW REGION OF EACH FAB.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1919 3.6 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 47690 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: COMBINATION / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.674 Å20 Å20 Å2
2--0.657 Å20 Å2
3----5.331 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13136 0 0 388 13524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.18
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 109 2.1 %
Rwork0.296 2175 -
obs--43.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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