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- PDB-1bc8: STRUCTURES OF SAP-1 BOUND TO DNA SEQUENCES FROM THE E74 AND C-FOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bc8
タイトルSTRUCTURES OF SAP-1 BOUND TO DNA SEQUENCES FROM THE E74 AND C-FOS PROMOTERS PROVIDE INSIGHTS INTO HOW ETS PROTEINS DISCRIMINATE BETWEEN RELATED DNA TARGETS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
  • PROTEIN (SAP-1 ETS DOMAIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ETS DOMAIN / DNA-BINDING DOMAIN / WINGED HELIX-TURN-HELIX / DNA-BINDING SPECIFICITY / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ETS domain-containing protein Elk-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Mo, Y. / Vaessen, B. / Johnston, K. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Structures of SAP-1 bound to DNA targets from the E74 and c-fos promoters: insights into DNA sequence discrimination by Ets proteins.
著者: Mo, Y. / Vaessen, B. / Johnston, K. / Marmorstein, R.
履歴
登録1998年5月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
C: PROTEIN (SAP-1 ETS DOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4395
ポリマ－17,3083
非ポリマー1312
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.590, 55.670, 44.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.16, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3') / E74 DNA FRAGMENT


分子量: 3069.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3') / E74 DNA FRAGMENT


分子量: 3019.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (SAP-1 ETS DOMAIN) / SAP-1


分子量: 11219.207 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETS DOMAIN, RESIDUES 1-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS / 遺伝子: SAP-1 RESIDUES 1-93 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LYSS / 参照: UniProt: P28324
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化pH: 6
詳細: 50 MM NA CACODYLATE (PH 6.0), 5.0% PEG8000, 20 MM ZINC ACETATE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2PEG 800011
3ZINC ACETATE11
4PEG 800012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mMsodium cacodylate1drop
22.5 %PEG80001drop
310 mMzinc acetate1drop
41

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→28.9 Å / Num. obs: 10728 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.93→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.141 / % possible all: 91.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.93→28.9 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 -10.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 10700 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数790 404 2 160 1356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2.02 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3956 -8.5 %
Rwork0.3144 1129 -
obs--91.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 10728 / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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