[日本語] English
万見
- PDB-1b8h: SLIDING CLAMP, DNA POLYMERASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8h
タイトルSLIDING CLAMP, DNA POLYMERASE
要素
  • DNA POLYMERASE PROCESSIVITY COMPONENT
  • DNA POLYMERASE fragment
キーワードTRANSFERASE / SLIDING CLAMP / GP45 / REPLISOME / ACCESSORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / SOS response / 3'-5' exonuclease activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / DNA-directed DNA polymerase T4 type / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / DNA polymerase family B signature. ...Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / DNA-directed DNA polymerase T4 type / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / : / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sliding clamp / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shamoo, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Building a replisome from interacting pieces: sliding clamp complexed to a peptide from DNA polymerase and a polymerase editing complex.
著者: Shamoo, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録1999年2月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE PROCESSIVITY COMPONENT
B: DNA POLYMERASE PROCESSIVITY COMPONENT
C: DNA POLYMERASE PROCESSIVITY COMPONENT
D: DNA POLYMERASE fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7514
ポリマ－76,7514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.000, 90.500, 146.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.92414, 0.22872, 0.30601), (0.37944, -0.45603, -0.80502), (-0.04457, 0.86007, -0.50822)-56.2807, 190.87675, 169.31078
2given(0.91465, 0.37511, -0.15069), (0.31395, -0.42429, 0.84936), (0.25467, -0.82418, -0.50584)2.8028, -46.58457, 259.63107

-
要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE PROCESSIVITY COMPONENT / GP45 / DNA Polymerase Sliding clamp / DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN 45


分子量: 25133.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: GENE 45 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O80164
#2: タンパク質・ペプチド DNA POLYMERASE fragment / GP43


分子量: 1350.581 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 893-903 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM BACTERIOPHAGE RB69, GENE 43 / 参照: UniProt: Q38087

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2calcium acetate11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein1drop
28-9 %(w/v)PEG80001drop
30.1 Mcalcium acetate1drop
40.1 MHEPES1drop
516-18 %(w/v)PEG80001reservoir
60.2 Mcalcium acetate1reservoir
70.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 18527 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 10.6
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 47361 / Rmerge(I) obs: 0.105

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B77

1b77


解像度: 3→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 106093.96 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: B FACTORS FROM 1B77
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1695 9.9 %RANDOM
Rwork0.265 ---
all-17061 --
obs-17061 92.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5393 0 0 0 5393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.531.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it0.962
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it0.842
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.312.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 286 11 %
Rwork0.345 2317 -
obs--86 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.271
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.399 / % reflection Rfree: 11 % / Rfactor Rwork: 0.345

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る