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- PDB-1czd: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1czd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4
要素DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN G45
キーワードGENE REGULATION / BACTERIOPHAGE T4 / PROCESSIVITY CLAMP / DNA REPLICATION / RING-SHAPED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Moarefi, I. / Jeruzalmi, D. / Turner, J. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the DNA polymerase processivity factor of T4 bacteriophage.
著者: Moarefi, I. / Jeruzalmi, D. / Turner, J. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録1999年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN G45
B: DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN G45
C: DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN G45


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6443
ポリマ－74,6443
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area33130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.177, 93.938, 141.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a trimer constructed from residues 1001 to 1228 by a three-fold NCS operation.

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN G45


分子量: 24881.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04525

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 60 mM PIPES 200 mM CASO4 0.1 % 1,4 Dioxane 15% Glycerol 15% PEG MME 5000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
160 mMPIPES1reservoir
2200 mM1reservoirCaSO4
30.1 %(v/v)1,4-dioxane1reservoir
415 %(v/v)glycerol1reservoir
515 %(v/v)PEG5000 MME1reservoir
60.1 mMPHMB1drop
710 mMTris1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→100 Å / Num. all: 30934 / Num. obs: 28409 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique all: 2975 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
Num. obs: 30934 / Num. measured all: 282837
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.45→100 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood (MLF) target in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 --Random
Rwork0.232 ---
all-30934 --
obs-28409 92.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5250 0 0 0 5250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29315
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007106
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.2322
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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