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万見
- PDB-1b4w: BASIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS-IMPLICATIONS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b4w
タイトルBASIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS-IMPLICATIONS FOR ITS ASSOCIATION AND ANTICOAGULANT ACTIVITIES BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
要素PROTEIN (PHOSPHOLIPASE A2)
キーワードHYDROLASE / BASIC PHOSPHOLIPASE A2 / AGKISTRODON HALYS PALLAS / DIMER / ANTICOAGULANT ACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 B
類似検索 - 構成要素
生物種Gloydius halys (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, K.H. / Lin, Z.J.
引用
ジャーナル: Toxicon / 年: 2000
タイトル: Structure of basic phospholipase A2 from Agkistrodon halys Pallas: implications for its association, hemolytic and anticoagulant activities.
著者: Zhao, K. / Zhou, Y. / Lin, Z.
#1: ジャーナル: SCI.CHINA, SER.C: LIFE SCI. / 年: 1999
タイトル: Refined Structure of Basic Phospholipase A2 from the Venom of Agkistrodon Halys Pallas in Orthorhombic Crystal Form I at 0.25Nm Resolution (in: C)
著者: Zhao, K.H. / Song, S.Y. / Lin, Z.J. / Zhou, Y.C.
履歴
登録1998年12月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHOSPHOLIPASE A2)
B: PROTEIN (PHOSPHOLIPASE A2)
C: PROTEIN (PHOSPHOLIPASE A2)
D: PROTEIN (PHOSPHOLIPASE A2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2776
ポリマ－55,6934
非ポリマー5852
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.453, 54.294, 108.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.32541, -0.82485, 0.46232), (-0.82888, 0.01354, -0.55926), (0.45504, -0.5652, -0.6881)33.87759, 37.4112, 18.50869
2given(0.4819, 0.82124, -0.3055), (0.84472, -0.52808, -0.08711), (-0.23287, -0.21608, -0.9482)27.87276, -40.66035, 52.32435
3given(-0.97411, -0.01573, -0.22552), (-0.18562, -0.51379, 0.8376), (-0.12905, 0.85777, 0.49757)81.2571, -19.51758, 22.54129
4given(-0.59617, -0.64133, 0.48298), (-0.67408, 0.07305, -0.73504), (0.43612, -0.76378, -0.47586)50.52106, 39.11212, 10.08955
5given(-0.96295, -0.25444, -0.08939), (0.07215, -0.56242, 0.8237), (-0.25986, 0.78673, 0.55994)76.71654, -28.98952, 23.42872
6given(0.41212, 0.87391, -0.25774), (0.82131, -0.47879, -0.31017), (-0.39446, -0.08386, -0.91508)36.10636, -31.96317, 56.36183

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (PHOSPHOLIPASE A2) / PLA2


分子量: 13923.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gloydius halys (ヘビ) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / Secretion: YES / 参照: UniProt: O42187, phospholipase A2
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: THE STRUCTURE OF BASIC PLA2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS IN C2 CRYSTAL FORM WAS DETERMINED BY MOLECULAR REPLACEMENT METHOD, USING A CHAIN STRUCTURE OF THE SAME ENZYME IN P212121 CRYSTAL FORM ...解説: THE STRUCTURE OF BASIC PLA2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS IN C2 CRYSTAL FORM WAS DETERMINED BY MOLECULAR REPLACEMENT METHOD, USING A CHAIN STRUCTURE OF THE SAME ENZYME IN P212121 CRYSTAL FORM (PDB CODE 1JIA) AS SEARCH MODEL.
結晶化pH: 8.5
詳細: THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 0.1M LI2SO4, 9% PEG 4K AND 0.3% N-OCTYL BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE IN 0.01M TRIS-HCL BUFFER(PH 8.5) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 8MG/ML; THE SOLUTION IN ...詳細: THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 0.1M LI2SO4, 9% PEG 4K AND 0.3% N-OCTYL BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE IN 0.01M TRIS-HCL BUFFER(PH 8.5) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 8MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 18% PEG 4K IN SAME BUFFER, ROOM TEMPERATURE OF 17DEG.C.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
28 %(w/v)PEG40001drop
30.1 MTris-HCl1drop
40.1 M1dropLi2SO4
50.3 %beta-OG1drop
616 %(v/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月15日
放射モノクロメーター: NICKEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16462 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 42427
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PP2

1pp2


解像度: 2.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1570 9.63 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 15641 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 0 40 108 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.59
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 166 10.6 %
Rwork0.314 1712 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.WATTOPH1919.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.63 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.59
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.387 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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