PDB-3b6a: Crystal structure of the Streptomyces coelicolor TetR family prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b6a

タイトル

Crystal structure of the Streptomyces coelicolor TetR family protein ActR in complex with actinorhodin

要素

ActR protein

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional repressor / DNA-binding protein / TetR family / actinorhodin / ligand / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Willems, A.R. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the Streptomyces coelicolor TetR-like protein ActR alone and in complex with actinorhodin or the actinorhodin biosynthetic precursor (S)-DNPA.
著者: Willems, A.R. / Tahlan, K. / Taguchi, T. / Zhang, K. / Lee, Z.Z. / Ichinose, K. / Junop, M.S. / Nodwell, J.R.

履歴

登録	2007年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3b6a.ent.gz	535.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3b6a_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b6a_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
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CIF形式データ	3b6a_validation.cif.gz	83.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/3b6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/3b6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2optSC 3b6cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2opt-d 3b6c-d 3zqg-1 2xgc-1 5yuy-1 2w8l-d 4irk-2 3khh-1 2xgc-2 1c1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ActR protein

B: ActR protein

C: ActR protein

D: ActR protein

E: ActR protein

F: ActR protein

G: ActR protein

H: ActR protein

ヘテロ分子

207 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ActR protein

B: ActR protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ActR protein

D: ActR protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ActR protein

F: ActR protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ActR protein

H: ActR protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.880, 79.000, 107.190
Angle α, β, γ (deg.)	89.56, 89.92, 89.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	28 - 245	3 - 220
2	1	MET	MET	ALA	ALA	C	C	28 - 245	3 - 220
3	1	MET	MET	ALA	ALA	E	E	28 - 245	3 - 220
4	1	MET	MET	ALA	ALA	G	G	28 - 245	3 - 220
1	2	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	29 - 243	4 - 218
2	2	ALA	ALA	GLU	GLU	D	D	29 - 243	4 - 218
3	2	ALA	ALA	GLU	GLU	F	F	29 - 243	4 - 218
4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	H	H	29 - 243	4 - 218

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ActR protein / Putative transcriptional regulatory protein 分子量: 25200.555 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: M145 / 遺伝子: actR / プラスミド: pPROEX-HTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53901
#2: 化合物	ChemComp-ZCT / 2,2'-[(1R,1'R,3S,3'S)-6,6',9,9'-tetrahydroxy-1,1'-dimethyl-5,5',10,10'-tetraoxo-3,3',4,4',5,5',10,10'-octahydro-1H,1'H-8,8'-bibenzo[g]isochromene-3,3'-diyl]diacetic acid 分子量: 634.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₂₆O₁₄
非ポリマーの詳細	THE CA INDEX NUMBER OF COMPOUND ZCT IS 1397-77-9.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% PEG4000, 100 mM sodium acetate, 40 mM Tris, 25 mM KCl, 0.5 mM DTT, 15 mg/mL protein, 0.3 uL of 17 mM actinorhodin, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日 / 詳細: collimating and focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111)2 crystals (not channel-cut) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→37.12 Å / Num. obs: 34551 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.88 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3.05→3.129 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
CCP4	6.0.0	位相決定
Coot	0.1.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OPT

2opt

解像度: 3.05→37.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.623 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28835	939	3.1 %	RANDOM
R_work	0.25988	-	-	-
obs	0.26077	29797	85.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.765 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.88 Å²	0.18 Å²	-0.08 Å²
2-	-	7.5 Å²	0.21 Å²
3-	-	-	-3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→37.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12788	0	400	0	13188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	13392
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	32
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	2.023	18228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	3	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.129	5	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.21	23.194	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.368	15	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.832	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	6331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.328	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	9113
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.293	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.338	1.5	8340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.619	2	13256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.854	3	5052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.404	4.5	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1616	tight positional	0.03	0.05
1	2	C	1616	tight positional	0.03	0.05
1	3	E	1616	tight positional	0.03	0.05
1	4	G	1616	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	1581	tight positional	0.02	0.05
2	2	D	1581	tight positional	0.03	0.05
2	3	F	1581	tight positional	0.03	0.05
2	4	H	1581	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1616	tight thermal	0.05	0.5
1	2	C	1616	tight thermal	0.05	0.5
1	3	E	1616	tight thermal	0.05	0.5
1	4	G	1616	tight thermal	0.05	0.5
2	1	B	1581	tight thermal	0.04	0.5
2	2	D	1581	tight thermal	0.05	0.5
2	3	F	1581	tight thermal	0.05	0.5
2	4	H	1581	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	71	-
R_work	0.35	2451	-
obs	-	-	96.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2656	-0.0067	-2.3763	0.0977	-0.4284	4.4339	-0.0655	0.2531	0.0134	-0.0801	-0.0866	0.0364	0.1823	-0.2311	0.1521	0.1796	0.0797	-0.0207	-0.1911	-0.02	0.1979	20.547	-10.568	-47.682
4	1.0811	-0.4099	0.9781	0.7213	-1.0433	4.0305	-0.0885	-0.3782	0.0144	0.0868	-0.063	0.1448	-0.3311	-0.3051	0.1515	0.0731	0.0092	0.0599	-0.0016	-0.0383	0.1889	22.854	4.95	-59.425
5	2.0504	0.2024	2.2807	0.021	0.2608	3.8318	-0.0836	0.2218	-0.0103	-0.0805	-0.084	0.0014	-0.1798	0.2104	0.1676	0.2119	0.0897	0.0159	-0.1738	-0.0513	0.1656	1.364	7.523	5.902
2	1.1577	-0.3947	-1.0331	0.667	0.6968	4.1782	-0.0805	-0.4695	-0.1418	0.0767	-0.0971	-0.0868	0.2887	0.3805	0.1776	0.0682	0.0057	-0.0282	0.0585	0.023	0.1632	-0.951	-8.128	-5.819
3	1.9427	-0.125	2.1404	0.0711	-0.4645	4.0522	-0.0533	-0.2751	-0.0517	0.1054	-0.0854	0.0273	-0.2071	-0.2245	0.1387	0.1962	-0.0016	0.0345	-0.1383	-0.0181	0.1626	-8.389	-32.291	-39.662
6	1.3128	0.4363	-1.26	0.871	-0.7154	3.8952	-0.1038	0.3936	-0.1023	-0.0338	-0.0611	0.059	0.2143	-0.3623	0.1648	0.0764	0.0854	-0.0553	0.0223	-0.0323	0.1621	-6.126	-47.729	-27.891
7	2.2752	0.0496	-1.9182	0.0331	0.2046	3.5161	-0.0677	-0.1597	-0.0263	0.0918	-0.0691	0.015	0.1846	0.2733	0.1369	0.2052	-0.0153	-0.0016	-0.1181	-0.0444	0.1604	-27.408	29.387	13.945
8	1.0533	0.6126	1.4875	1.1572	0.849	3.8537	-0.1268	0.3828	0.1602	-0.0753	-0.1009	-0.0248	-0.2071	0.4068	0.2277	0.0631	0.1053	0.0669	0.0268	0.0014	0.1419	-29.714	45.014	25.765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 245	3 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	29 - 243	4 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	28 - 245	3 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	29 - 243	4 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	3	E	E	28 - 245	3 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	29 - 243	4 - 218
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	28 - 245	3 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	29 - 243	4 - 218

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関連情報:EMDBヘッダ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)