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万見
- PDB-1b3f: OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KHK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b3f
タイトルOLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KHK
要素
  • PROTEIN (LYS-HIS-LYS)
  • PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / COMPLEX (PEPTIDE TRANSPORT-PEPTIDE) / PEPTIDE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URANYL (VI) ION / Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tame, J.R.H. / Wilkinson, A.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
著者: Sleigh, S.H. / Seavers, P.R. / Wilkinson, A.J. / Ladbury, J.E. / Tame, J.R.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The Role of Water in Sequence-Independent Ligand Binding by an Oligopeptide Transporter Protein
著者: Tame, J.R.H. / Sleigh, S.H. / Wilkinson, A.J. / Ladbury, J.E.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structures of the Oligopeptide-Binding Protein OppA Complexed with Tripeptide and Tetrapeptide Ligands
著者: Tame, J.R.H. / Dodson, E.J. / Murshudov, G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Structure Determination of Oppa at 2.3 Angstroms Resolution Using Multiple Wavelength Anomalous Methods
著者: Glover, I.D. / Denny, R. / Nguti, N.D. / McSweeney, S. / Thompson, A. / Dodson, E. / Wilkinson, A.J. / Tame, J.R.H.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The Structural Basis of Sequence-Independent Peptide Binding by OppA Protein
著者: Tame, J.R.H. / Murshudov, G.N. / Dodson, E.J. / Neil, T.K. / Dodson, G.G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録1998年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
B: PROTEIN (LYS-HIS-LYS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,45410
ポリマ－59,2942
非ポリマー2,1608
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.936, 75.892, 70.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN) / OPPA


分子量: 58878.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: OPPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06202
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (LYS-HIS-LYS)


分子量: 414.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: FLASH COOLED TO 120K
結晶化pH: 5.5 / 詳細: CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
25-10 %(w/v)PEG40001reservoir
350 mMsodium acetate1reservoir
41 mMuranyl acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 55310 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1OLB

1olb
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 2681 5 %
Rwork0.1772 --
obs-55310 97.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4201 0 8 455 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3692
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9033
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8052
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.6813
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2510.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1230.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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