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- PDB-1aym: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aym
タイトルHUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION
要素(HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT ...) x 4
キーワードVIRUS / HUMAN RHINOVIRUS 16 / RNA / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / MYRISTIC ACID / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hadfield, A.T. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The refined structure of human rhinovirus 16 at 2.15 A resolution: implications for the viral life cycle.
著者: Hadfield, A.T. / Lee, W. / Zhao, R. / Oliveira, M.A. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: The Structure of Human Rhinovirus 16
著者: Oliveira, M.A. / Zhao, R. / Lee, W.M. / Kremer, M.J. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Diana, G.D. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Mckinlay, M.A. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: A Comparison of the Anti-Rhinoviral Drug Binding Pocket in Hrv14 and Hrv1A
著者: Kim, K.H. / Willingmann, P. / Gong, Z.X. / Kremer, M.J. / Chapman, M.S. / Minor, I. / Oliveira, M.A. / Rossmann, M.G. / Andries, K. / Diana, G.D. / Dutko, F.J. / Mckinlay, M.A. / Pevear, D.C.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Structure of a Human Rhinovirus Complexed with its Receptor Molecule
著者: Olson, N.H. / Kolatkar, P.R. / Oliveira, M.A. / Cheng, R.H. / Greve, J.M. / Mcclelland, A. / Baker, T.S. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Human Rhinovirus Serotype 1A (Hrv1A)
著者: Kim, S.S. / Smith, T.J. / Chapman, M.S. / Rossmann, M.G. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Felock, P.J. / Diana, G.D. / Mckinlay, M.A.
#5: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1987
タイトル: Common Cold Viruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Griffith, J.P. / Kamer, G. / Luo, M. / Smith, T.J. / Vriend, G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Mckinlay, M.A. / Diana, G. / Otto, M.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: The Site of Attachment in Human Rhinovirus 14 for Antiviral Agents that Inhibit Uncoating
著者: Smith, T.J. / Kremer, M.J. / Luo, M. / Vriend, G. / Arnold, E. / Kamer, G. / Rossmann, M.G. / Mckinlay, M.A. / Diana, G.D. / Otto, M.J.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1997年11月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年2月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark
改定 2.22023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6747
ポリマ－95,1804
非ポリマー4943
水9,602533
1
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,740,457420
ポリマ－5,710,811240
非ポリマー29,646180
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 478 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,37135
ポリマ－475,90120
非ポリマー2,47015
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 574 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)574,04642
ポリマ－571,08124
非ポリマー2,96518
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.87 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,870,228210
ポリマ－2,855,405120
非ポリマー14,82390
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)362.600, 347.100, 334.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, 0.25544312, 0.8274955), (0.3612676, 0.80687821, -0.46736845), (-0.78707414, 0.53263155, 0.31115577)45.3227, -32.74724, 71.34464
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16generate(-0.99785893, -0.06540313), (-0.06540313, 0.0652631, -0.99572242), (0.99785892, 0.00427757, -0.0652631)90.64539, 5.92849, -90.45131
17generate(-0.30901699, -0.83998639, 0.44601722), (0.77458326, -0.49440059, -0.39444749), (0.5518417, 0.22358649, 0.80341758)118.65636, -70.2124, -50.02191
18generate(-0.80901699, -0.51914014, 0.27565379), (0.51914014, -0.41115427, 0.74929678), (-0.2756538, 0.74929679, 0.60213728)163.97905, -47.05766, 24.98675
19generate(-0.80901699, -0.47871879, -0.34105692), (-0.47871878, 0.19995846, 0.85489469), (-0.34105693, 0.8548947, -0.39094146)163.97905, 43.39365, 30.91524
20generate(-0.30901699, -0.77458326, -0.5518417), (-0.83998638, 0.49440059, -0.22358649), (0.44601722, 0.39444749, -0.80341758)118.65636, 76.14089, -40.4294
21generate(0.80901699, 0.51914014, -0.27565379), (0.47871878, -0.30983393, 0.82148113), (0.34105693, -0.79655285, -0.49918306)17.31173, -43.39365, -30.91524
22generate(0.80901699, 0.47871879, 0.34105692), (-0.51914014, 0.30983393, 0.79655284), (0.2756538, -0.82148114, 0.49918305)17.31173, 47.05766, -24.98675
23generate(0.30901699, 0.77458326, 0.5518417), (-0.77458326, 0.54165665, -0.32654071), (-0.5518417, -0.32654071, 0.76736033)62.63442, 70.2124, 50.02191
24generate(0.99785893, 0.06540313), (0.06540313, 0.0652631, -0.99572242), (-0.99785892, 0.00427757, -0.0652631)90.64539, -5.92849, 90.45131
25generate(0.30901699, 0.83998639, -0.44601722), (0.83998638, -0.46098703, -0.2862059), (-0.44601722, -0.2862059, -0.84802996)62.63442, -76.14089, 40.4294
26generate(-0.5, 0.36126761, -0.78707414), (-0.3612676, 0.73897143, 0.56868879), (0.78707414, 0.56868879, -0.23897142)135.96809, 32.74724, -71.34464
27generate(0.5, -0.25544312, -0.8274955), (-0.3612676, 0.80687821, -0.46736845), (0.78707414, 0.53263155, 0.31115577)45.3227, 32.74724, -71.34464
28generate(0.80901699, -0.51914014, 0.27565379), (0.47871878, 0.30983393, -0.82148113), (0.34105693, 0.79655285, 0.49918306)17.31173, -43.39365, -30.91524
29generate(-0.06540313, 0.99785892), (0.99785892, -0.0652631, -0.00427757), (0.06540313, 0.99572244, 0.0652631)90.64539, -90.45131, -5.92849
30generate(-0.80901699, 0.47871879, 0.34105692), (0.47871878, 0.19995846, 0.85489469), (0.34105693, 0.8548947, -0.39094146)163.97905, -43.39365, -30.91524

-
要素

-
HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 32501.375 Da / 分子数: 1 / 変異: N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 株: SEROTYPE 16 / 細胞株: HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q82122
#2: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 28990.615 Da / 分子数: 1 / 変異: N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 株: SEROTYPE 16 / 細胞株: HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q82122
#3: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 26314.168 Da / 分子数: 1 / 変異: N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 株: SEROTYPE 16 / 細胞株: HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q82122
#4: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 7374.025 Da / 分子数: 1 / 変異: N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 株: SEROTYPE 16 / 細胞株: HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008

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非ポリマー , 4種, 536分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14-5 mg/mlvirus1drop
20.25-0.75 %PEG80001drop
30.5-1.5 %PEG80001reservoir
45-20 mM1reservoirCaCl2
51reservoirNaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 1452910 / % possible obs: 44.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 2.14→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / % possible all: 47
反射
*PLUS
Num. measured all: 3442752
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 47 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR
開始モデル: PDB ENTRY 2RHN

2rhn
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.15→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: DISORDERED SIDE CHAINS (1 1, 1 4, 1 5, 2 159, 2 160) WERE MODELLED WITH PREFERRED ROTAMERS WITH GOOD STEREOCHEMISTRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 12388 10 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 1115369 44.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6383 0 30 541 6954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: 30-FOLD, STRICT
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 9613 10 %
Rwork0.293 86834 -
obs--47 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PAR.AHTOP.AH
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.293

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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