+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axa | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ACTIVE-SITE MOBILITY IN HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 PROTEASE AS DEMONSTRATED BY CRYSTAL STRUCTURE OF A28S MUTANT | |||||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | |||||||||
![]() | ASPARTYL PROTEASE / HIV PROTEASE / MUTANT / ASPARTIC PROTEASE / HYDROLASE / ACID PROTEINASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Hong, L. / Hartsuck, J.A. / Foundling, S. / Ermolieff, J. / Tang, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Active-site mobility in human immunodeficiency virus, type 1, protease as demonstrated by crystal structure of A28S mutant. 著者: Hong, L. / Hartsuck, J.A. / Foundling, S. / Ermolieff, J. / Tang, J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 495.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 505.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.49848, -0.8669, 0.00101), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10819.756 Da / 分子数: 2 / 変異: A28S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→34 Å / Num. obs: 11025 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 76 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.9 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET / Bsol: 266.2 Å2 / ksol: 0.818 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|