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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1auw | ||||||
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タイトル | H91N DELTA 2 CRYSTALLIN FROM DUCK | ||||||
![]() | DELTA 2 CRYSTALLIN | ||||||
![]() | EYE LENS PROTEIN / DELTA 2 CRYSTALLIN / ARGINOSUCCINATE LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() argininosuccinate lyase / argininosuccinate lyase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / structural constituent of eye lens / arginine biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abu-Abed, M. / Vallee, F. / Howell, P.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural comparison of the enzymatically active and inactive forms of delta crystallin and the role of histidine 91. 著者: Abu-Abed, M. / Turner, M.A. / Vallee, F. / Simpson, A. / Slingsby, C. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51737.242 Da / 分子数: 4 / 変異: H89N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18-20% PEG MME 2K, 300 MM MGCL2,100 MM TRIS-HCL PH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 65641 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.103 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Rsym value: 0.33 / % possible all: 92.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 239855 / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.6 % / Rmerge(I) obs: 0.33 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: TURKEY DELTA 1 CRYSTALLINE 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: CIS PEPTIDES NOT INCLUDED IN DIHEDRAL ANGLES. X-PLOR 3.1 ALSO WAS USED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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