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万見
- PDB-1ap2: SINGLE CHAIN FV OF C219 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ap2
タイトルSINGLE CHAIN FV OF C219
要素(MONOCLONAL ANTIBODY C219) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / SINGLE CHAIN FV / MONOCLONAL ANTIBODY / C219 / P-GLYCOPROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Hoedemaeker, P.J. / Rose, D.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: A single chain Fv fragment of P-glycoprotein-specific monoclonal antibody C219. Design, expression, and crystal structure at 2.4 A resolution.
著者: Hoedemaeker, F.J. / Signorelli, T. / Johns, K. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R.
履歴
登録1997年7月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONOCLONAL ANTIBODY C219
B: MONOCLONAL ANTIBODY C219
C: MONOCLONAL ANTIBODY C219
D: MONOCLONAL ANTIBODY C219


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7394
ポリマ－51,7394
非ポリマー00
水1,838102
1
A: MONOCLONAL ANTIBODY C219
B: MONOCLONAL ANTIBODY C219


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8702
ポリマ－25,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
2
C: MONOCLONAL ANTIBODY C219
D: MONOCLONAL ANTIBODY C219


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8702
ポリマ－25,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.040, 64.350, 154.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.1273, 0.9916, 0.0212), (0.9907, -0.1282, 0.0461), (0.0484, 0.0151, -0.9987)10.2166, -12.8951, 36.5168
2given(0.1026, 0.9945, 0.0228), (0.9934, -0.1036, 0.0498), (0.0519, 0.0175, -0.9985)11.3214, -13.3462, 36.226

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要素

#1: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY C219 / VARIABLE DOMAIN


分子量: 12296.612 Da / 分子数: 2 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGHT AND HEAVY CHAINS LINKED WITH A SYNTHETIC (GGGGS)3 LINKER
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CDNA / プラスミド: PSJF2 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: GenBank: 196573
#2: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY C219 / VARIABLE DOMAIN


分子量: 13572.992 Da / 分子数: 2 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGHT AND HEAVY CHAINS LINKED WITH A SYNTHETIC (GGGGS)3 LINKER
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CDNA / プラスミド: PSJF2 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: EMBL: Z22078
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 21% PEG 6000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 4.5, IN HANGING DROPS CONTAINING SUBTILISIN CARLSBERG IN A 1:100 MOLAR RATIO., vapor diffusion - hanging drop THE ...詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 21% PEG 6000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 4.5, IN HANGING DROPS CONTAINING SUBTILISIN CARLSBERG IN A 1:100 MOLAR RATIO., vapor diffusion - hanging drop THE DEPOSITORS CRYSTALLIZED THE SINGLE CHAIN FV IN THE PRESENCE OF SUBTILISIN, AS DESCRIBED IN THE PRIMARY REFERENCE. THE SEQUENCE OF THE SINGLE CHAIN IS DIVMTQSPSSLTVTAGEKVTMSCKSSQSLLNSGNQKNYLTWYQQKPGQPPKLLIYWAS TRESGVPDRFTGSGSGTDFTLTISSVQAEDLAVYYCQNDYSYPLTFGAGTKLEP (LIGHT CHAINS A AND C) GGGGSGGGGSGKSGGGG (LINKER) EVQLQQSGAELVRPGASVKLSCTASGFNIKDDFMHWVKQRPEQGLEWIGRIDPANDNT KYAPKFQDKATIIADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCARREVYSYYSPLDVWGAGTT VTVPSG (HEAVY CHAINS B AND D) SEQKLISEEDLNHHHHH (C-MYC TAG + 5XHIS TAG) THE DEPOSITORS HAVE NOT DETERMINED WHERE SUBTILISIN CLEAVES EXACTLY, BUT THE MOBILITY ON SDS GELS SUGGESTS THAT THE MOST OF THE LINKER AND MOST OF BOTH TAGS ARE REMOVED.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mMsodium citrate1reservoir
421 %(w/v)PEG60001reservoir
5subtilisin1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月1日
放射モノクロメーター: QUARTZ CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 22616 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.36→2.55 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 76.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 81247 / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.1 % / Num. unique obs: 3671 / Num. measured obs: 8466 / Rmerge(I) obs: 0.277

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SDMSデータ収集
SDMSデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
SDMSデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IGM

1igm


解像度: 2.36→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.0073 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 3 / Isotropic thermal model: RESTRAINED (GAUSSIAN) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1519 7.8 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.2045 19352 78.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3620 0 0 102 3722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.121
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.29
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.572
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it6.3431.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it8.011.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.9572
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.9312
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3798 91 7.6 %
Rwork0.2584 1109 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.285
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.572
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.373 / Rfactor obs: 0.2582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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