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万見
- PDB-1anv: ADENOVIRUS 5 DBP/URANYL FLUORIDE SOAK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1anv
タイトルADENOVIRUS 5 DBP/URANYL FLUORIDE SOAK
要素ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / EARLY PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / ZINC-FINGER / PHOSPHORYLATION / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA strand displacement replication / viral DNA genome replication / positive regulation of DNA replication / viral capsid / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Single-stranded Dna-binding Protein, domain 1 / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain / Adenovirus Single-stranded DNA-binding Protein; domain 2 / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily/Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain / Adenovirus DNA-binding, all-alpha domain / Adenovirus DNA-binding, zinc-binding domain / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain superfamily / DNA-binding protein, Adenovirus ...Adenovirus Single-stranded Dna-binding Protein, domain 1 / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain / Adenovirus Single-stranded DNA-binding Protein; domain 2 / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily/Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain / Adenovirus DNA-binding, all-alpha domain / Adenovirus DNA-binding, zinc-binding domain / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain superfamily / DNA-binding protein, Adenovirus / Viral DNA-binding protein, all alpha domain / Viral DNA-binding protein, zinc binding domain / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URANYL (VI) ION / DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / Van Der Vliet, P.C. / Tucker, P.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Conformational change of the adenovirus DNA-binding protein induced by soaking crystals with K3UO2F5 solutions.
著者: Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / van der Vliet, P.C. / Tucker, P.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Alternative Arrangements of the Protein Chain are Possible for the Adenovirus Single-Stranded DNA Binding Protein
著者: Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / Van Der Vliet, P.C. / Tucker, P.A.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the Adenovirus DNA Binding Protein Reveals a Hook-on Model for Cooperative DNA Binding
著者: Tucker, P.A. / Tsernoglou, D. / Tucker, A.D. / Coenjaerts, F.E. / Leenders, H. / Van Der Vliet, P.C.
履歴
登録1996年3月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / struct_keywords / Item: _diffrn_source.type / _struct_keywords.text
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1117
ポリマ－39,9001
非ポリマー1,2116
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.700, 75.600, 60.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN


分子量: 39899.746 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus C / 参照: UniProt: P03265
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Tsernoglou, D., (1984) J. Mol. Biol., 172, 237.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 %protein1drop
213 %satammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. obs: 10312 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.147
反射 シェル解像度: 2.7→3.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 34497

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ADT

1adt
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→15 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 -10 %
Rwork0.204 --
obs-10312 98.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 0 6 31 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.314
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg26.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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