[日本語] English
万見
- PDB-5j5t: GLK co-crystal structure with aminopyrrolopyrimidine inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5t
タイトルGLK co-crystal structure with aminopyrrolopyrimidine inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 3
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Protein kinsae / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / response to tumor necrosis factor / response to UV / JNK cascade / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / response to tumor necrosis factor / response to UV / JNK cascade / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6G2 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Silvian, L.F. / Marcotte, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Germinal-center kinase-like kinase co-crystal structure reveals a swapped activation loop and C-terminal extension.
著者: Marcotte, D. / Rushe, M. / M Arduini, R. / Lukacs, C. / Atkins, K. / Sun, X. / Little, K. / Cullivan, M. / Paramasivam, M. / Patterson, T.A. / Hesson, T. / D McKee, T. / May-Dracka, T.L. / ...著者: Marcotte, D. / Rushe, M. / M Arduini, R. / Lukacs, C. / Atkins, K. / Sun, X. / Little, K. / Cullivan, M. / Paramasivam, M. / Patterson, T.A. / Hesson, T. / D McKee, T. / May-Dracka, T.L. / Xin, Z. / Bertolotti-Ciarlet, A. / Bhisetti, G.R. / Lyssikatos, J.P. / Silvian, L.F.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5932
ポリマ－42,2261
非ポリマー3671
水43224
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 3
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1874
ポリマ－84,4522
非ポリマー7352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.703, 63.324, 64.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 3 / Germinal center kinase-related protein kinase / GLK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 3 / MEKKK 3


分子量: 42225.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-380 / 変異: S170A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K3, RAB8IPL1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q8IVH8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6G2 / 5-[2-(piperidin-4-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-3-[(pyridin-4-yl)methoxy]pyridin-2-amine


分子量: 367.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.8M Ammonium Sulfate, 0.1M BisTRIS pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月3日
放射モノクロメーター: Diamond(111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 7960 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.732 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 40B0

40b0


解像度: 2.85→41.647 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 381 4.79 %RANDOM SELECTION
Rwork0.175 ---
obs0.1766 7960 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→41.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 26 24 2378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6763277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.164878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8502-3.26250.24541110.19362526X-RAY DIFFRACTION100
3.2625-4.10990.22011340.17172514X-RAY DIFFRACTION100
4.1099-41.65140.18131360.16992539X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る