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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1alx | |||||||||
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タイトル | GRAMICIDIN D FROM BACILLUS BREVIS (METHANOL SOLVATE) | |||||||||
要素 | (GRAMICIDIN A) x 2 | |||||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / ABTIBIOTIC / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN | |||||||||
機能・相同性 | GRAMICIDIN D / METHANOL / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Burkhart, B.M. / Langs, D.A. / Smith, G.D. / Courseille, C. / Precigoux, G. / Hospital, M. / Pangborn, W.A. / Duax, W.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998 タイトル: Heterodimer Formation and Crystal Nucleation of Gramicidin D 著者: Burkhart, B.M. / Gassman, R.M. / Langs, D.A. / Pangborn, W.A. / Duax, W.L. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: Monoclinic Uncomplexed Double-Stranded, Antiparallel, Left-Handed Beta 5.6-Helix (Increases Decreases Beta 5.6) Structure of Gramicidin A: Alternate Patterns of Helical Association and Deformation 著者: Langs, D.A. / Smith, G.D. / Courseille, C. / Precigoux, G. / Hospital, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1alx.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1alx.ent.gz | 37.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1alx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1alx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1alx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.96861, 0.1753, -0.17624), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1859.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: GRAMICIDIN D IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 1). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). 由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN D | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: GRAMICIDIN D IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 1). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). 由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN D | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MOH / 構成要素の詳細 | GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.57 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: CRYSTALLIZED BY BATCH METHODS FROM A SATURATED SOLUTION OF GRAMICIDIN D IN METHANOL., PH 7.0, BATCH METHOD | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年1月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→100 Å / Num. obs: 7726 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 85.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 35.53 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.0891 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GMA 1gma 解像度: 1.2→100 Å / Num. parameters: 3422 / Num. restraintsaints: 5704 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: MODIFIED ENGH AND HUBER FOR ETHANOLAMINE BASED ON SERINE 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER (G = 0.12792 U = 0.82322) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 367.54 / Occupancy sum non hydrogen: 315.41 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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