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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1al4 | |||||||||
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タイトル | GRAMICIDIN D FROM BACILLUS BREVIS (N-PROPANOL SOLVATE) | |||||||||
![]() | GRAMICIDIN D | |||||||||
![]() | ANTIBIOTIC / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / LINEAR GRAMICIDIN / MEMBRANE ION CHANNEL | |||||||||
機能・相同性 | GRAMICIDIN D / N-PROPANOL / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Burkhart, B.M. / Gassman, R.M. / Pangborn, W.A. / Duax, W.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Heterodimer Formation and Crystal Nucleation of Gramicidin D 著者: Burkhart, B.M. / Gassman, R.M. / Langs, D.A. / Pangborn, W.A. / Duax, W.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.84724, 0.15064, 0.5094), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | ![]() 詳細: GRAMICIDIN D IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 1). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-POL / 構成要素の詳細 | GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.15 % / 解説: ISOMORPHOUS TO 1ALZ | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: CRYSTALLIZED BY BATCH METHODS FROM A SATURATED SOLUTION OF GRAMICIDIN D IN N-PROPANOL, PH 7.0, BATCH METHOD | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→100 Å / Num. obs: 67561 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 47.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / Rsym value: 0.065 / % possible all: 82.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9572 / Num. measured all: 67561 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR PLACEMENT; DIFFERENCE MAPS 開始モデル: PDB ENTRY 1ALZ 解像度: 1.13→100 Å / Num. parameters: 3746 / Num. restraintsaints: 7423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: MODIFIED ENGH AND HUBER FOR ETHANOLAMINE BASED ON SERINE 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER (G = 0.5373 U = 0.7755) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 369.47 / Occupancy sum non hydrogen: 316.72 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.0851 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |