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- PDB-1aj7: IMMUNOGLOBULIN 48G7 GERMLINE FAB ANTIBODY COMPLEXED WITH HAPTEN 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aj7
タイトルIMMUNOGLOBULIN 48G7 GERMLINE FAB ANTIBODY COMPLEXED WITH HAPTEN 5-(PARA-NITROPHENYL PHOSPHONATE)-PENTANOIC ACID. AFFINITY MATURATION OF AN ESTEROLYTIC ANTIBODY
要素
  • IMMUNOGLOBULIN 48G7 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IMMUNOGLOBULIN 48G7 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / GERMLINE ANTIBODY / FAB / CATALYTIC ANTIBODY / AFFINITY MATURATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(PARA-NITROPHENYL PHOSPHONATE)-PENTANOIC ACID / : / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wedemayer, G.J. / Wang, L.H. / Patten, P.A. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Structural insights into the evolution of an antibody combining site.
著者: Wedemayer, G.J. / Patten, P.A. / Wang, L.H. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of the Free and Liganded Form of an Esterolytic Catalytic Antibody
著者: Wedemayer, G.J. / Wang, L.H. / Patten, P.A. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: The Immunological Evolution of Catalysis
著者: Patten, P.A. / Gray, N.S. / Yang, P.L. / Marks, C.B. / Wedemayer, G.J. / Boniface, J.J. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: A Genetic Approach to the Generation of Antibodies with Enhanced Catalytic Activities
著者: Lesley, S.A. / Patten, P.A. / Schultz, P.G.
履歴
登録1997年5月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN 48G7 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IMMUNOGLOBULIN 48G7 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8303
ポリマ－46,5282
非ポリマー3021
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.100, 60.900, 73.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN 48G7 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23464.988 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: EACH CHAIN IS A FUSION POLYPEPTIDE WHICH IS PART HUMAN AND PART MOUSE
細胞株: 48G7 / 断片: CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS / プラスミド: PSAL143 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 4768677
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN 48G7 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23062.750 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: EACH CHAIN IS A FUSION POLYPEPTIDE WHICH IS PART HUMAN AND PART MOUSE
細胞株: 48G7 / 断片: CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS / プラスミド: PSAL143 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01857
#3: 化合物 ChemComp-NPE / 5-(PARA-NITROPHENYL PHOSPHONATE)-PENTANOIC ACID


分子量: 302.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO7P
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化pH: 8
詳細: 10-15 MG/ML FAB IN 100MM NACL, 10MM TRIS PH 8.0, 1MM METHIONINE, 1MM SODIUM AZIDE, 0.5 MM EDTA.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
2100 mM1dropNaCl
310 mMTris1drop
41 mMmethionine1drop
51 mMsodium azide1drop
60.5 mMEDTA1drop
70.1 Mammonium acetate1reservoir
80.1 Msodium cacodylate1reservoir
918 %PEG40001reservoir
101 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 23005 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 80267
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GAF

1gaf


解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 -10 %
Rwork0.217 --
obs0.217 23005 99.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4035 0 32 0 4067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.542
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å / Total num. of bins used: 60 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 35 10 %
Rwork0.233 339 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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