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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1afu | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A AT 2.0 ANGSTROMS FROM MONOCLINIC CRYSTALS | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Leonidas, D.D. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Crystal structures of ribonuclease A complexes with 5'-diphosphoadenosine 3'-phosphate and 5'-diphosphoadenosine 2'-phosphate at 1.7 A resolution. 著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Irons, L.I. / Russo, N. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1afu.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1afu.ent.gz | 44.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1afu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1afu_validation.pdf.gz | 367 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1afu_full_validation.pdf.gz | 369.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1afu_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1afu_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1afu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1afu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.5731, 0.8182, -0.0456), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20 MM SODIUM CITRATE BUFFER PH 5.5 AND 20 % PEG 4000. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 15331 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / Rsym value: 0.122 / % possible all: 79.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 38250 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3RN3 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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