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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a86 | ||||||
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タイトル | MMP8 WITH MALONIC AND ASPARTIC ACID BASED INHIBITOR | ||||||
![]() | MMP-8 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COLLAGENASE / MATRIX METALLOPROTEINASE / MALONIC ACID / MMP8 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Brandstetter, H. / Roedern, E.G.V. / Grams, F. / Engh, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of malonic acid-based inhibitors bound to human neutrophil collagenase. A new binding mode explains apparently anomalous data. 著者: Brandstetter, H. / Engh, R.A. / Von Roedern, E.G. / Moroder, L. / Huber, R. / Bode, W. / Grams, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17612.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-0ZB / | ||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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検出器 | 日付: 1995年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 10905 / Num. measured all: 23574 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.272 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å |