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- EMDB-9791: Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9791
タイトルCryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4
マップデータ
試料
  • 複合体: Human ABCD4
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family D member 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードHuman ABCD4 / Lysosomal cobalamin exporter / ATP-bound / lysosome-open conformation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCD4 causes MAHCJ / ABC-type vitamin B12 transporter / Transport of RCbl within the body / cobalamin metabolic process / ABC-type vitamin B12 transporter activity / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / peroxisome organization / cobalamin transport ...Defective ABCD4 causes MAHCJ / ABC-type vitamin B12 transporter / Transport of RCbl within the body / cobalamin metabolic process / ABC-type vitamin B12 transporter activity / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / peroxisome organization / cobalamin transport / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / transmembrane transport / peroxisome / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region 2 / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ABC transporter transmembrane region 2 / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal cobalamin transporter ABCD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Xu D / Feng Z
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910103 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020304 中国
National Natural Science Foundation of China31621002 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4.
著者: Da Xu / Zhang Feng / Wen-Tao Hou / Yong-Liang Jiang / Liang Wang / Linfeng Sun / Cong-Zhao Zhou / Yuxing Chen /
履歴
登録2019年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jbj
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.094036005 - 0.16849421
平均 (標準偏差)0.00010282971 (±0.0064872955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0940.1680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human ABCD4

全体名称: Human ABCD4
要素
  • 複合体: Human ABCD4
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family D member 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Human ABCD4

超分子名称: Human ABCD4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family D member 4

分子名称: ATP-binding cassette sub-family D member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: ATP / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.123719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTAVAGPAP GAGARPRLDL QFLQRFLQIL KVLFPSWSSQ NALMFLTLL CLTLLEQFVI YQVGLIPSQY YGVLGNKDLE GFKTLTFLAV MLIVLNSTLK SFDQFTCNLL YVSWRKDLTE H LHRLYFRG ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTAVAGPAP GAGARPRLDL QFLQRFLQIL KVLFPSWSSQ NALMFLTLL CLTLLEQFVI YQVGLIPSQY YGVLGNKDLE GFKTLTFLAV MLIVLNSTLK SFDQFTCNLL YVSWRKDLTE H LHRLYFRG RAYYTLNVLR DDIDNPDQRI SQDVERFCRQ LSSMASKLII SPFTLVYYTY QCFQSTGWLG PVSIFGYFIL GT VVNKTLM GPIVMKLVHQ EKLEGDFRFK HMQIRVNAEP AAFYRAGHVE HMRTDRRLQR LLQTQRELMS KELWLYIGIN TFD YLGSIL SYVVIAIPIF SGVYGDLSPA ELSTLVSKNA FVCIYLISCF TQLIDLSTTL SDVAGYTHRI GQLRETLLDM SLKS QDCEI LGESEWGLDT PPGWPAAEPA DTAFLLERVS ISAPSSDKPL IKDLSLKISE GQSLLITGNT GTGKTSLLRV LGGLW TSTR GSVQMLTDFG PHGVLFLPQK PFFTDGTLRE QVIYPLKEVY PDSGSADDER ILRFLELAGL SNLVARTEGL DQQVDW NWY DVLSPGEMQR LSFARLFYLQ PKYAVLDQAT SALTEEVESE LYRIGQQLGM TFISVGHRQS LEKFHSLVLK LCGGGRW EL MRIKVE

UniProtKB: Lysosomal cobalamin transporter ABCD4

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 276557
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 199
得られたモデル

PDB-6jbj:
Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る