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万見
- EMDB-9629: The structure of Enterovirus D68 mature virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9629
タイトルThe structure of Enterovirus D68 mature virion
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Virion protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
キーワードEnterovirus D68 / mature virion / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / peptidase activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zheng QB / Zhu R
資金援助 中国, 米国, 11件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China81401669 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37-GM33050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Science Foundation (United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (United States)DMR-1548924 米国
National Science Foundation (United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Atomic structures of enterovirus D68 in complex with two monoclonal antibodies define distinct mechanisms of viral neutralization.
著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Zhihai Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Timothy S Baker / Z Hong Zhou / Barney S Graham / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various ...Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various forms and antibody-bound capsids will facilitate the development of effective vaccines and therapeutics against EV-D68 infection, which causes childhood respiratory and paralytic diseases worldwide. Here, we report the structures of three EV-D68 capsid states representing the virus at major phases. We further describe two original monoclonal antibodies (15C5 and 11G1) with distinct structurally defined mechanisms for virus neutralization. 15C5 and 11G1 engage the capsid loci at icosahedral three-fold and five-fold axes, respectively. To block viral attachment, 15C5 binds three forms of capsids, and triggers mature virions to transform into A-particles, mimicking engagement by the functional receptor ICAM-5, whereas 11G1 exclusively recognizes the A-particle. Our data provide a structural and molecular explanation for the transition of picornavirus capsid conformations and demonstrate distinct mechanisms for antibody-mediated neutralization.
履歴
登録2018年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0711
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0711
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6aj0
  • 表面レベル: 0.0711
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6aj0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 450 pix.
= 507.6 Å		1.13 Å/pix.
x 450 pix.
= 507.6 Å		1.13 Å/pix.
x 450 pix.
= 507.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0711 / ムービー #1: 0.0711
最小 - 最大-0.14785613 - 0.2656827
平均 (標準偏差)0.00062186876 (±0.01665772)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 507.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z507.600507.600507.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.1480.2660.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A10

全体名称: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
要素
  • ウイルス: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Virion protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4

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超分子 #1: Coxsackievirus A10

超分子名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 42769 / 生物種: Coxsackievirus A10 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Viral protein 1

分子名称: Viral protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 32.673035 KDa
配列文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQADKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SGNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ...文字列:
IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQADKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SGNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ASVFFKISDP PARITIPFMC INSAYSVFYD GFAGFEKNGL YGINPADTIG NLCVRIVNEH QPVGFTVTVR VY MKPKHIK AWAPRPPRTL PYMSIANANY KGKERAPNAL NAIIGNRDSV KTMPHNIV

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Virion protein 2

分子名称: Virion protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.567135 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA CATIFPHQWI NLRTNNSATI VLPWMNAAPM DFPLRHNQWT LAIIPVVPLG TRTTSSMVPI TVSIAPMCCE FN GLRHAIT Q

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.142842 KDa
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMATGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMATGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP WISGSHYRMF NNDAKSTNAN VGYVTCFMQT NLIVPSESSD TCSLIGFIAA KDDFSLRLMR DSPDIGQLDH LH AAEAAYQ

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 7.468157 KDa
配列文字列:
MGAQVTRQQT GTHENANIAT NGSHITYNQI NFYKDSYAAS ASKQDFSQDP SKFTEPVVEG LKAGAPVLK

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 11938
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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