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- EMDB-9636: The structure of Enterovirus D68 A-particle in complex with Fab 11G1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9636
タイトルThe structure of Enterovirus D68 A-particle in complex with Fab 11G1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
    • Other: VL of Fab 11G1
    • Other: VH of Fab 11G1
    • Other: VP1
    • Other: VP2
    • Other: VP3
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Zheng QB / Zhu R / Xu LF / He MZ / Yan XD / Cheng T / Li SW
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Atomic structures of enterovirus D68 in complex with two monoclonal antibodies define distinct mechanisms of viral neutralization.
著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Zhihai Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Timothy S Baker / Z Hong Zhou / Barney S Graham / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various ...Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various forms and antibody-bound capsids will facilitate the development of effective vaccines and therapeutics against EV-D68 infection, which causes childhood respiratory and paralytic diseases worldwide. Here, we report the structures of three EV-D68 capsid states representing the virus at major phases. We further describe two original monoclonal antibodies (15C5 and 11G1) with distinct structurally defined mechanisms for virus neutralization. 15C5 and 11G1 engage the capsid loci at icosahedral three-fold and five-fold axes, respectively. To block viral attachment, 15C5 binds three forms of capsids, and triggers mature virions to transform into A-particles, mimicking engagement by the functional receptor ICAM-5, whereas 11G1 exclusively recognizes the A-particle. Our data provide a structural and molecular explanation for the transition of picornavirus capsid conformations and demonstrate distinct mechanisms for antibody-mediated neutralization.
履歴
登録2018年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2018年11月21日-
現状2018年11月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9636.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 828.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 601 pix.
= 677.928 Å		1.13 Å/pix.
x 601 pix.
= 677.928 Å		1.13 Å/pix.
x 601 pix.
= 677.928 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 22. / ムービー #1: 22
最小 - 最大-45.669483 - 63.016970000000001
平均 (標準偏差)-0.017432539 (±4.8592134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-300-300-300
サイズ601601601
Spacing601601601
セルA=B=C: 677.92804 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z601601601
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z677.928677.928677.928
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-6-10-25
NX/NY/NZ564636
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-300-300-300
NC/NR/NS601601601
D min/max/mean-45.66963.017-0.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus D68

全体名称: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
    • Other: VL of Fab 11G1
    • Other: VH of Fab 11G1
    • Other: VP1
    • Other: VP2
    • Other: VP3

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超分子 #1: Enterovirus D68

超分子名称: Enterovirus D68 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 42789 / 生物種: Enterovirus D68 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: VL of Fab 11G1

分子名称: VL of Fab 11G1 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIVMSQSPSS LAVSVGEKVT MSCKSSQSLL YSNNQKNYLA WYQQKPGQSP QLLIYWASTR ESGVPDRFTG SESGTDFTLT ISSVKAEDLA VFYCQQYYNY PWTFGGGTKL EIK

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分子 #2: VH of Fab 11G1

分子名称: VH of Fab 11G1 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
QVQLQQSGAE LVRPGVSVKI SCKGSGYIFT DYVMHWVKQS HSKSLEWIGV ISTYYGDGSY NQKFKGKATM TVDKSSSTAY MELARLTSED SAIYYCVRGE NYYGVSGTMD YWGQGTSVTV SS

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分子 #3: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
配列文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQADKNF FKWTINTRSF VQLRRKLELF TYLRFDAEIT ILTTVAVNGS GNNTYVGLPD LTLQAMFVPT GALTPEKQDS FHWQSGSNAS ...文字列:
IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQADKNF FKWTINTRSF VQLRRKLELF TYLRFDAEIT ILTTVAVNGS GNNTYVGLPD LTLQAMFVPT GALTPEKQDS FHWQSGSNAS VFFKISDPPA RITIPFMCIN SAYSVFYDGF AGFEKNGLYG INPADTIGNL CVRIVNEHQP VGFTVTVRVY MKPKHIKAWA PRPPRTLPYM SIANANYKGK ERAPNALNAI IGNRDSVKTM PHNIV

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分子 #4: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: other / ID: 4 / 分類: other
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
配列文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNIG MFGQNVQHHY LYRSGFLIHV QCNATKFHQG ALLVVAIPEH QRGAHNTNTS PGFDDIMKGE EGGTFNHPYV LDDGTSLACA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNIG MFGQNVQHHY LYRSGFLIHV QCNATKFHQG ALLVVAIPEH QRGAHNTNTS PGFDDIMKGE EGGTFNHPYV LDDGTSLACA TIFPHQWINL RTNNSATIVL PWMNAAPMDF PLRHNQWTLA IIPVVPLGTR TTSSMVPITV SIAPMCCEFN GLRHAITQ

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分子 #5: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: other / ID: 5 / 分類: other
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQL DGPLRNTLVG NISRYYTHWS GSLEMTFMFC GSFMATGKLI LCYTPPGGSC PTTRETAMLG THIVWDFGLQ SSVTLIIPWI ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQL DGPLRNTLVG NISRYYTHWS GSLEMTFMFC GSFMATGKLI LCYTPPGGSC PTTRETAMLG THIVWDFGLQ SSVTLIIPWI SGSHYRMFNN DAKSTNANVG YVTCFMQTNL IVPSESSDTC SLIGFIAAKD DFSLRLMRDS PDIGQLDHLH AAEAAYQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 414
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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