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万見
- EMDB-9626: Cryo-EM structure of human Ribonuclease P -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9626
タイトルCryo-EM structure of human Ribonuclease P
マップデータ
試料
  • 複合体: RNase P
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 1種
キーワードRibonuclease P / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA decay / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing ...multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA decay / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / centriolar satellite / fibrillar center / rRNA processing / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P protein subunit Rpp38 / Ribonuclease P protein subunit Rpp40 / Ribonuclease P 40kDa (Rpp40) subunit / : / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal ...Ribonuclease P protein subunit Rpp38 / Ribonuclease P protein subunit Rpp40 / Ribonuclease P 40kDa (Rpp40) subunit / : / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / POP1 C-terminal domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit p30 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P protein subunit p20 / Ribonuclease P protein subunit p40 / Ribonuclease P protein subunit p14 / Ribonuclease P protein subunit p29 / Ribonuclease P protein subunit p38 / Ribonuclease P protein subunit p30 / Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonuclease P protein subunit p25 / Ribonuclease P protein subunit p21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Wu J / Niu S
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Structure of the Human Ribonuclease P Holoenzyme.
著者: Jian Wu / Shuangshuang Niu / Ming Tan / Chenhui Huang / Mingyue Li / Yang Song / Qianmin Wang / Juan Chen / Shaohua Shi / Pengfei Lan / Ming Lei /
要旨: Ribonuclease (RNase) P is a ubiquitous ribozyme that cleaves the 5' leader from precursor tRNAs. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human nuclear RNase P alone and in ...Ribonuclease (RNase) P is a ubiquitous ribozyme that cleaves the 5' leader from precursor tRNAs. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human nuclear RNase P alone and in complex with tRNA. Human RNase P is a large ribonucleoprotein complex that contains 10 protein components and one catalytic RNA. The protein components form an interlocked clamp that stabilizes the RNA in a conformation optimal for substrate binding. Human RNase P recognizes the tRNA using a double-anchor mechanism through both protein-RNA and RNA-RNA interactions. Structural comparison of the apo and tRNA-bound human RNase P reveals that binding of tRNA induces a local conformational change in the catalytic center, transforming the ribozyme into an active state. Our results also provide an evolutionary model depicting how auxiliary RNA elements in bacterial RNase P, essential for substrate binding, and catalysis, were replaced by the much more complex and multifunctional protein components in higher organisms.
履歴
登録2018年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月5日-
マップ公開2018年12月5日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6ahr
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9626.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.09011597 - 0.19876729
平均 (標準偏差)0.00018916799 (±0.006135494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0900.1990.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : RNase P

全体名称: RNase P
要素
  • 複合体: RNase P
    • RNA: H1 RNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p38
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p29
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p25
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p20
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p14
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p30
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p21
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein subunit p40
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: RNase P

超分子名称: RNase P / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: H1 RNA

分子名称: H1 RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.244172 KDa
配列文字列: AUAGGGCGGA GGGAAGCUCA UCAGUGGGGC CACGAGCUGA GUGCGUCCUG UCACUCCACU CCCAUGUCCC UUGGGAAGGU CUGAGACUA GGGCCAGAGG CGGCCCUAAC AGGGCUCUCC CUGAGCUUCG GGGAGGUGAG UUCCCAGAGA ACGGGGCUCC G CGCGAGGU ...文字列:
AUAGGGCGGA GGGAAGCUCA UCAGUGGGGC CACGAGCUGA GUGCGUCCUG UCACUCCACU CCCAUGUCCC UUGGGAAGGU CUGAGACUA GGGCCAGAGG CGGCCCUAAC AGGGCUCUCC CUGAGCUUCG GGGAGGUGAG UUCCCAGAGA ACGGGGCUCC G CGCGAGGU CAGACUGGGC AGGAGAUGCC GUGGACCCCG CCCUUCGGGG AGGGGCCCGG CGGAUGCCUC CUUUGCCGGA GC UUGGAAC AGACUCACGG CCAGCGAAGU GAGUUCAAUG GCUGAGGUGA GGUACCCCGC AGGGGACCUC AUAACCCAAU UCA GACUAC UCUCCUCCGC CCAUU

GENBANK: GENBANK: X16612.1

+
分子 #2: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 114.896141 KDa
配列文字列: MSNAKERKHA KKMRNQPTNV TLSSGFVADR GVKHHSGGEK PFQAQKQEPH PGTSRQRQTR VNPHSLPDPE VNEQSSSKGM FRKKGGWKA GPEGTSQEIP KYITASTFAQ ARAAEISAML KAVTQKSSNS LVFQTLPRHM RRRAMSHNVK RLPRRLQEIA Q KEAEKAVH ...文字列:
MSNAKERKHA KKMRNQPTNV TLSSGFVADR GVKHHSGGEK PFQAQKQEPH PGTSRQRQTR VNPHSLPDPE VNEQSSSKGM FRKKGGWKA GPEGTSQEIP KYITASTFAQ ARAAEISAML KAVTQKSSNS LVFQTLPRHM RRRAMSHNVK RLPRRLQEIA Q KEAEKAVH QKKEHSKNKC HKARRCHMNR TLEFNRRQKK NIWLETHIWH AKRFHMVKKW GYCLGERPTV KSHRACYRAM TN RCLLQDL SYYCCLELKG KEEEILKALS GMCNIDTGLT FAAVHCLSGK RQGSLVLYRV NKYPREMLGP VTFIWKSQRT PGD PSESRQ LWIWLHPTLK QDILEEIKAA CQCVEPIKSA VCIADPLPTP SQEKSQTELP DEKIGKKRKR KDDGENAKPI KKII GDGTR DPCLPYSWIS PTTGIIISDL TMEMNRFRLI GPLSHSILTE AIKAASVHTV GEDTEETPHR WWIETCKKPD SVSLH CRQE AIFELLGGIT SPAEIPAGTI LGLTVGDPRI NLPQKKSKAL PNPEKCQDNE KVRQLLLEGV PVECTHSFIW NQDICK SVT ENKISDQDLN RMRSELLVPG SQLILGPHES KIPILLIQQP GKVTGEDRLG WGSGWDVLLP KGWGMAFWIP FIYRGVR VG GLKESAVHSQ YKRSPNVPGD FPDCPAGMLF AEEQAKNLLE KYKRRPPAKR PNYVKLGTLA PFCCPWEQLT QDWESRVQ A YEEPSVASSP NGKESDLRRS EVPCAPMPKK THQPSDEVGT SIEHPREAEE VMDAGCQESA GPERITDQEA SENHVAATG SHLCVLRSRK LLKQLSAWCG PSSEDSRGGR RAPGRGQQGL TREACLSILG HFPRALVWVS LSLLSKGSPE PHTMICVPAK EDFLQLHED WHYCGPQESK HSDPFRSKIL KQKEKKKREK RQKPGRASSD GPAGEEPVAG QEALTLGLWS GPLPRVTLHC S RTLLGFVT QGDFSMAVGC GEALGFVSLT GLLDMLSSQP AAQRGLVLLR PPASLQYRFA RIAIEV

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

+
分子 #3: Ribonuclease P protein subunit p38

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.891443 KDa
配列文字列: MAAAPQAPGR GSLRKTRPLV VKTSLNNPYI IRWSALESED MHFILQTLED RLKAIGLQKI EDKKKKNKTP FLKKESREKC SIAVDISEN LKEKKTDAKQ QVSGWTPAHV RKQLAIGVNE VTRALERREL LLVLVCKSVK PAMITSHLIQ LSLSRSVPAC Q VPRLSERI ...文字列:
MAAAPQAPGR GSLRKTRPLV VKTSLNNPYI IRWSALESED MHFILQTLED RLKAIGLQKI EDKKKKNKTP FLKKESREKC SIAVDISEN LKEKKTDAKQ QVSGWTPAHV RKQLAIGVNE VTRALERREL LLVLVCKSVK PAMITSHLIQ LSLSRSVPAC Q VPRLSERI APVIGLKCVL ALAFKKNTTD FVDEVRAIIP RVPSLSVPWL QDRIEDSGEN LETEPLESQD RELLDTSFED LS KPKRKLA DGRQASVTLQ PLKIKKLIPN PNKIRKPPKS KKATPK

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p38

+
分子 #4: Ribonuclease P protein subunit p29

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.474854 KDa
配列文字列: MKSVIYHALS QKEANDSDVQ PSGAQRAEAF VRAFLKRSTP RMSPQAREDQ LQRKAVVLEY FTRHKRKEKK KKAKGLSARQ RRELRLFDI KPEQQRYSLF LPLHELWKQY IRDLCSGLKP DTQPQMIQAK LLKADLHGAI ISVTKSKCPS YVGITGILLQ E TKHIFKII ...文字列:
MKSVIYHALS QKEANDSDVQ PSGAQRAEAF VRAFLKRSTP RMSPQAREDQ LQRKAVVLEY FTRHKRKEKK KKAKGLSARQ RRELRLFDI KPEQQRYSLF LPLHELWKQY IRDLCSGLKP DTQPQMIQAK LLKADLHGAI ISVTKSKCPS YVGITGILLQ E TKHIFKII TKEDRLKVIP KLNCVFTVET DGFISYIYGS KFQLRSSERS AKKFKAKGTI DL

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p29

+
分子 #5: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

分子名称: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.844672 KDa
配列文字列:
MVRFKHRYLL CELVSDDPRC RLSLDDRVLS SLVRDTIARV HGTFGAAACS IGFAVRYLNA YTGIVLLRCR KEFYQLVWSA LPFITYLEN KGHRYPCFFN TLHVGGTIRT CQKFLIQYNR RQLLILLQNC TDEGEREAIQ KSVTRSCLLE EEEESGEEAA E AME

UniProtKB: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

+
分子 #6: Ribonuclease P protein subunit p25

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.659406 KDa
配列文字列: MENFRKVRSE EAPAGCGAEG GGPGSGPFAD LAPGAVHMRV KEGSKIRNLM AFATASMAQP ATRAIVFSGC GRATTKTVTC AEILKRRLA GLHQVTRLRY RSVREVWQSL PPGPTQGQTP GEPAASLSVL KNVPGLAILL SKDALDPRQP GYQPPNPHPG P SSPPAAPA ...文字列:
MENFRKVRSE EAPAGCGAEG GGPGSGPFAD LAPGAVHMRV KEGSKIRNLM AFATASMAQP ATRAIVFSGC GRATTKTVTC AEILKRRLA GLHQVTRLRY RSVREVWQSL PPGPTQGQTP GEPAASLSVL KNVPGLAILL SKDALDPRQP GYQPPNPHPG P SSPPAAPA SKRSLGEPAA GEGSAKRSQP EPGVADEDQT A

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p25

+
分子 #7: Ribonuclease P protein subunit p20

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.672866 KDa
配列文字列:
MAENREPRGA VEAELDPVEY TLRKRLPSRL PRRPNDIYVN MKTDFKAQLA RCQKLLDGGA RGQNACSEIY IHGLGLAINR AINIALQLQ AGSFGSLQVA ANTSTVELVD ELEPETDTRE PLTRIRNNSA IHIRVFRVTP K

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p20

+
分子 #8: Ribonuclease P protein subunit p14

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.707014 KDa
配列文字列:
MPAPAATYER VVYKNPSEYH YMKVCLEFQD CGVGLNAAQF KQLLISAVKD LFGEVDAALP LDILTYEEKT LSAILRICSS GLVKLWSSL TLLGSYKGKK CAFRVIQVSP FLLALSGNSR ELVLD

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p14

+
分子 #9: Ribonuclease P protein subunit p30

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.364277 KDa
配列文字列: MAVFADLDLR AGSDLKALRG LVETAAHLGY SVVAINHIVD FKEKKQEIEK PVAVSELFTT LPIVQGKSRP IKILTRLTII VSDPSHCNV LRATSSRARL YDVVAVFPKT EKLFHIACTH LDVDLVCITV TEKLPFYFKR PPINVAIDRG LAFELVYSPA I KDSTMRRY ...文字列:
MAVFADLDLR AGSDLKALRG LVETAAHLGY SVVAINHIVD FKEKKQEIEK PVAVSELFTT LPIVQGKSRP IKILTRLTII VSDPSHCNV LRATSSRARL YDVVAVFPKT EKLFHIACTH LDVDLVCITV TEKLPFYFKR PPINVAIDRG LAFELVYSPA I KDSTMRRY TISSALNLMQ ICKGKNVIIS SAAERPLEIR GPYDVANLGL LFGLSESDAK AAVSTNCRAA LLHGETRKTA FG IISTVKK PRPSEGDEDC LPASKKAKCE G

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p30

+
分子 #10: Ribonuclease P protein subunit p21

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.596068 KDa
配列文字列:
MAGPVKDREA FQRLNFLYQA AHCVLAQDPE NQALARFYCY TERTIAKRLV LRRDPSVKRT LCRGCSSLLV PGLTCTQRQR RCRGQRWTV QTCLTCQRSQ RFLNDPGHLL WGDRPEAQLG SQADSKPLQP LPNTAHSISD RLPEEKMQTQ GSSNQ

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p21

+
分子 #11: Ribonuclease P protein subunit p40

分子名称: Ribonuclease P protein subunit p40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.884844 KDa
配列文字列: MATLRRLREA PRHLLVCEKS NFGNHKSRHR HLVQTHYYNY RVSFLIPECG ILSEELKNLV MNTGPYYFVK NLPLHELITP EFISTFIKK GSCYALTYNT HIDEDNTVAL LPNGKLILSL DKDTYEETGL QGHPSQFSGR KIMKFIVSID LMELSLNLDS K KYERISWS ...文字列:
MATLRRLREA PRHLLVCEKS NFGNHKSRHR HLVQTHYYNY RVSFLIPECG ILSEELKNLV MNTGPYYFVK NLPLHELITP EFISTFIKK GSCYALTYNT HIDEDNTVAL LPNGKLILSL DKDTYEETGL QGHPSQFSGR KIMKFIVSID LMELSLNLDS K KYERISWS FKEKKPLKFD FLLAWHKTGS EESTMMSYFS KYQIQEHQPK VALSTLRDLQ CPVLQSSELE GTPEVSCRAL EL FDWLGAV FSNVDLNNEP NNFISTYCCP EPSTVVAKAY LCTITGFILP EKICLLLEHL CHYFDEPKLA PWVTLSVQGF ADS PVSWEK NEHGFRKGGE HLYNFVIFNN QDYWLQMAVG ANDHCPP

UniProtKB: Ribonuclease P protein subunit p40

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5625 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400198
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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