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- EMDB-9513: Cryo-EM map of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9513
タイトルCryo-EM map of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
マップデータClassI map
試料
  • 複合体: voltage-gated calcium channel Cav1.1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードcomplex / channel / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / muscle contraction / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / : / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / : / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wu JP / Yan Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
the Ministry of Science and Technology of China2015CB9101012014, ZX09507003006 中国
National Natural Science Foundation of China31130002 and 31125009 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 at 3.6 Å resolution.
著者: Jianping Wu / Zhen Yan / Zhangqiang Li / Xingyang Qian / Shan Lu / Mengqiu Dong / Qiang Zhou / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated calcium (Ca) channels convert membrane electrical signals to intracellular Ca-mediated events. Among the ten subtypes of Ca channel in mammals, Ca1.1 is specified for the excitation- ...The voltage-gated calcium (Ca) channels convert membrane electrical signals to intracellular Ca-mediated events. Among the ten subtypes of Ca channel in mammals, Ca1.1 is specified for the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the rabbit Ca1.1 complex at a nominal resolution of 3.6 Å. The inner gate of the ion-conducting α1-subunit is closed and all four voltage-sensing domains adopt an 'up' conformation, suggesting a potentially inactivated state. The extended extracellular loops of the pore domain, which are stabilized by multiple disulfide bonds, form a windowed dome above the selectivity filter. One side of the dome provides the docking site for the α2δ-1-subunit, while the other side may attract cations through its negative surface potential. The intracellular I-II and III-IV linker helices interact with the β-subunit and the carboxy-terminal domain of α1, respectively. Classification of the particles yielded two additional reconstructions that reveal pronounced displacement of β and adjacent elements in α1. The atomic model of the Ca1.1 complex establishes a foundation for mechanistic understanding of excitation-contraction coupling and provides a three-dimensional template for molecular interpretations of the functions and disease mechanisms of Ca and Na channels.
履歴
登録2016年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月24日-
マップ公開2016年9月14日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gjv
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6byo
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6byo
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ClassI map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.044 / ムービー #1: 0.044
最小 - 最大-0.1873949 - 0.29445234
平均 (標準偏差)-0.00005322732 (±0.0069397744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1870.294-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : voltage-gated calcium channel Cav1.1

全体名称: voltage-gated calcium channel Cav1.1
要素
  • 複合体: voltage-gated calcium channel Cav1.1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: voltage-gated calcium channel Cav1.1

超分子名称: voltage-gated calcium channel Cav1.1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: The protein complex was endogenous purified from rabbit muscle tissue.
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 212.240594 KDa
配列文字列: MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR ...文字列:
MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR VLRPLRLVSG VPSLQVVLNS IFKAMLPLFH IALLVLFMVI IYAIIGLELF KGKMHKTCYY IGTDIVATVE NE KPSPCAR TGSGRPCTIN GSECRGGWPG PNHGITHFDN FGFSMLTVYQ CITMEGWTDV LYWVNDAIGN EWPWIYFVTL ILL GSFFIL NLVLGVLSGE FTKEREKAKS RGTFQKLREK QQLEEDLRGY MSWITQGEVM DVEDLREGKL SLEEGGSDTE SLYE IEGLN KIIQFIRHWR QWNRVFRWKC HDLVKSRVFY WLVILIVALN TLSIASEHHN QPLWLTHLQD IANRVLLSLF TIEML LKMY GLGLRQYFMS IFNRFDCFVV CSGILELLLV ESGAMTPLGI SVLRCIRLLR LFKITKYWTS LSNLVASLLN SIRSIA SLL LLLFLFIIIF ALLGMQLFGG RYDFEDTEVR RSNFDNFPQA LISVFQVLTG EDWNSVMYNG IMAYGGPSYP GVLVCIY FI ILFVCGNYIL LNVFLAIAVD NLAEAESLTS AQKAKAEERK RRKMSRGLPD KTEEEKSVMA KKLEQKPKGE GIPTTAKL K VDEFESNVNE VKDPYPSADF PGDDEEDEPE IPVSPRPRPL AELQLKEKAV PIPEASSFFI FSPTNKVRVL CHRIVNATW FTNFILLFIL LSSAALAAED PIRAESVRNQ ILGYFDIAFT SVFTVEIVLK MTTYGAFLHK GSFCRNYFNI LDLLVVAVSL ISMGLESST ISVVKILRVL RVLRPLRAIN RAKGLKHVVQ CVFVAIRTIG NIVLVTTLLQ FMFACIGVQL FKGKFFSCND L SKMTEEEC RGYYYVYKDG DPTQMELRPR QWIHNDFHFD NVLSAMMSLF TVSTFEGWPQ LLYRAIDSNE EDMGPVYNNR VE MAIFFII YIILIAFFMM NIFVGFVIVT FQEQGETEYK NCELDKNQRQ CVQYALKARP LRCYIPKNPY QYQVWYVVTS SYF EYLMFA LIMLNTICLG MQHYHQSEEM NHISDILNVA FTIIFTLEMI LKLLAFKARG YFGDPWNVFD FLIVIGSIID VILS EIDTF LASSGGLYCL GGGCGNVDPD ESARISSAFF RLFRVMRLIK LLSRAEGVRT LLWTFIKSFQ ALPYVALLIV MLFFI YAVI GMQMFGKIAL VDGTQINRNN NFQTFPQAVL LLFRCATGEA WQEILLACSY GKLCDPESDY APGEEYTCGT NFAYYY FIS FYMLCAFLII NLFVAVIMDN FDYLTRDWSI LGPHHLDEFK AIWAEYDPEA KGRIKHLDVV TLLRRIQPPL GFGKFCP HR VACKRLVGMN MPLNSDGTVT FNATLFALVR TALKIKTEGN FEQANEELRA IIKKIWKRTS MKLLDQVIPP IGDDEVTV G KFYATFLIQE HFRKFMKRQE EYYGYRPKKD TVQIQAGLRT IEEEAAPEIR RTISGDLTAE EELERAMVEA AMEERIFRR TGGLFGQVDT FLERTNSLPP VMANQRPLQF AEIEMEELES PVFLEDFPQD ARTNPLARAN TNNANANVAY GNSNHSNNQM FSSVHCERE FPGEAETPAA GRGALSHSHR ALGPHSKPCA GKLNGQLVQP GMPINQAPPA PCQQPSTDPP ERGQRRTSLT G SLQDEAPQ RRSSEGSTPR RPAPATALLI QEALVRGGLD TLAADAGFVT ATSQALADAC QMEPEEVEVA ATELLKARES VQ GMASVPG SLSRRSSLGS LDQVQGSQET LIPPRP

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

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分子 #2: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: This domain was docked by a crystal structure (4DEY)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.974729 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SLEVLFQGPH MALRKEAERQ ALAQLEKAKT KPVAFAVRTN VGYNPSPGDE VPVEGVAITF EPKDFLHIKE KYNNDWWIGR LVKEGCEVG FIPSPVKLDS LRLLQEQ

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

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分子 #3: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: This domain was docked by a crystal structure (4DEY)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.356846 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VPPYDVVPSM RPIILVGPSL KGYEVTDMMQ KALFDFLKHL FDGRISITRV TADISLAKRS VLNNPSKHII IERSNTRSSL AEVQSEIER IFELARTLQL VALDADTINH PAQLSKTSLA PIIVYIKITS PKVLQRLIKS RGKSQSKHLN VQIAASEKLA Q CPPEMFDI ...文字列:
VPPYDVVPSM RPIILVGPSL KGYEVTDMMQ KALFDFLKHL FDGRISITRV TADISLAKRS VLNNPSKHII IERSNTRSSL AEVQSEIER IFELARTLQL VALDADTINH PAQLSKTSLA PIIVYIKITS PKVLQRLIKS RGKSQSKHLN VQIAASEKLA Q CPPEMFDI ILDENQLEDA CEHLAEYLEA YWKATHPPSS T

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

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分子 #4: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.082254 KDa
配列文字列: MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS ...文字列:
MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS EDTVWIEYYY SWSFACACAA FVLLFLGGIS LLLFSLPRMP QNPWESCMDA EPEH

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

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分子 #5: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 125.156 KDa
配列文字列: MAAGRPLAWT LTLWQAWLIL IGPSSEEPFP SAVTIKSWVD KMQEDLVTLA KTASGVHQLV DIYEKYQDLY TVEPNNARQL VEIAARDIE KLLSNRSKAL VRLALEAEKV QAAHQWREDF ASNEVVYYNA KDDLDPEKND SEPGSQRIKP VFIDDANFRR Q VSYQHAAV ...文字列:
MAAGRPLAWT LTLWQAWLIL IGPSSEEPFP SAVTIKSWVD KMQEDLVTLA KTASGVHQLV DIYEKYQDLY TVEPNNARQL VEIAARDIE KLLSNRSKAL VRLALEAEKV QAAHQWREDF ASNEVVYYNA KDDLDPEKND SEPGSQRIKP VFIDDANFRR Q VSYQHAAV HIPTDIYEGS TIVLNELNWT SALDDVFKKN REEDPSLLWQ VFGSATGLAR YYPASPWVDN SRTPNKIDLY DV RRRPWYI QGAASPKDML ILVDVSGSVS GLTLKLIRTS VSEMLETLSD DDFVNVASFN SNAQDVSCFQ HLVQANVRNK KVL KDAVNN ITAKGITDYK KGFSFAFEQL LNYNVSRANC NKIIMLFTDG GEERAQEIFA KYNKDKKVRV FTFSVGQHNY DRGP IQWMA CENKGYYYEI PSIGAIRINT QEYLDVLGRP MVLAGDKAKQ VQWTNVYLDA LELGLVITGT LPVFNITGQF ENKTN LKNQ LILGVMGVDV SLEDIKRLTP RFTLCPNGYY FAIDPNGYVL LHPNLQPKPI GVGIPTINLR KRRPNVQNPK SQEPVT LDF LDAELENDIK VEIRNKMIDG ESGEKTFRTL VKSQDERYID KGNRTYTWTP VNGTDYSSLA LVLPTYSFYY IKAKIEE TI TQARYSETLK PDNFEESGYT FLAPRDYCSD LKPSDNNTEF LLNFNEFIDR KTPNNPSCNT DLINRVLLDA GFTNELVQ N YWSKQKNIKG VKARFVVTDG GITRVYPKEA GENWQENPET YEDSFYKRSL DNDNYVFTAP YFNKSGPGAY ESGIMVSKA VEIYIQGKLL KPAVVGIKID VNSWIENFTK TSIRDPCAGP VCDCKRNSDV MDCVILDDGG FLLMANHDDY TNQIGRFFGE IDPSLMRHL VNISVYAFNK SYDYQSVCEP GAAPKQGAGH RSAYVPSIAD ILQIGWWATA AAWSILQQFL LSLTFPRLLE A ADMEDDDF TASMSKQSCI TEQTQYFFDN DSKSFSGVLD CGNCSRIFHV EKLMNTNLIF IMVESKGTCP CDTRLLIQAE QT SDGPDPC DMVKQPRYRK GPDVCFDNNV LEDYTDC(ETA)GV SGLNPSLWSI IGIQFVLLWL VSGSRHCLL

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #10: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 14 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #11: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 9704 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 0.0029 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.0013000000000000002 µm
照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1630270
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6475

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 527833
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5gjv:
Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at near atomic resolution

PDB-6byo:
Residue assignment correction to the voltage gated calcium Cav1.1 rabbit alpha 1 subunit PDB entries 3JBR & 5GJV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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