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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9514 | |||||||||
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タイトル | ClassIa map of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 | |||||||||
マップデータ | ClassIa map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / T-tubule / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu JP / Yan Z / Li ZQ / Zhou Q / Yan N | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structure of the voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 at 3.6 Å resolution. 著者: Jianping Wu / Zhen Yan / Zhangqiang Li / Xingyang Qian / Shan Lu / Mengqiu Dong / Qiang Zhou / Nieng Yan / 要旨: The voltage-gated calcium (Ca) channels convert membrane electrical signals to intracellular Ca-mediated events. Among the ten subtypes of Ca channel in mammals, Ca1.1 is specified for the excitation- ...The voltage-gated calcium (Ca) channels convert membrane electrical signals to intracellular Ca-mediated events. Among the ten subtypes of Ca channel in mammals, Ca1.1 is specified for the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the rabbit Ca1.1 complex at a nominal resolution of 3.6 Å. The inner gate of the ion-conducting α1-subunit is closed and all four voltage-sensing domains adopt an 'up' conformation, suggesting a potentially inactivated state. The extended extracellular loops of the pore domain, which are stabilized by multiple disulfide bonds, form a windowed dome above the selectivity filter. One side of the dome provides the docking site for the α2δ-1-subunit, while the other side may attract cations through its negative surface potential. The intracellular I-II and III-IV linker helices interact with the β-subunit and the carboxy-terminal domain of α1, respectively. Classification of the particles yielded two additional reconstructions that reveal pronounced displacement of β and adjacent elements in α1. The atomic model of the Ca1.1 complex establishes a foundation for mechanistic understanding of excitation-contraction coupling and provides a three-dimensional template for molecular interpretations of the functions and disease mechanisms of Ca and Na channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9514.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9514-v30.xml emd-9514.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9514.png | 62.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9514 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9514 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9514_validation.pdf.gz | 79 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9514_full_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9514_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9514 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9514 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ClassIa map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : voltage-gated calcium channel Cav1.1
全体 | 名称: voltage-gated calcium channel Cav1.1 |
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要素 |
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-超分子 #1: voltage-gated calcium channel Cav1.1
超分子 | 名称: voltage-gated calcium channel Cav1.1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 詳細: The protein complex was endogenous purified from rabbit muscle tissue. |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors. |
グリッド | モデル: Quantifoil Cu R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen. |
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 9704 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 0.0029 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.0013 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |